Но на севере Уганды мир долго не длится. Во второй половине 1993 года боевики Кони, теперь называвшие себя «Армией сопротивления Господа» (LRA), начали получать поддержку от исламистского режима Судана, который таким образом мстил Мусевени за поддержку Джона Гаранга, лидера суданских повстанцев SPLA. Хотя правильнее было бы сказать, что за этим стояло правительство США, которое через угандийское правительство Мусевени обеспечивало SPLA оружием и другими ресурсами, используя Уганду как оплот против распространения исламского терроризма в Восточной Африке.