Однако эта мера не спасает положения. Казахи атакуют крупные крепости. В первых числах декабря отряд в 400 человек напал на Сарайчиковскую крепость. Высланная из Гурьева команда в 60 казаков, при одной пушке, помогла сарайчиковцам отбиться, но вскоре хозяевами положения в окрестностях как Сарайчиковской, так и других крепостей сделались казахи.

Количество их не поддается учету. Общее представление дает донесение Симанова Сенату: «Киргизы перекочевали на внутреннюю сторону вместе с семьями своими, простираясь от Котельного форпоста до Гурьева, и притом так множеством, что на ста семидесяти верстах едва вмещаются».

22 января 1774 года Комендант Астрахани В. Левин спешно направил в Гурьев карательный отряд в 150 человек во главе с майором Арбековым. Экспедиция не смогла переправиться через Волгу и возвратилась обратно.

Со второй попытки Арбеков добрался до Красного Яра. Было решено дождаться морозов или весны.

В это время под Яицким городком велись минно-подрывные работы. Пугачев лично руководил ими. Уезжая в Берду, он поручает атаману Андрею Овчинникову занять Гурьев, доставить под Уральск крепостные запасы пороха. Овчинников отправился с тремястами казаков.

По пути они прихватили пушки из Кулагиной, Тополинской и Сарайчиковской крепостей. К ним присоединился весь гарнизон Сарайчиковской крепости во главе с есаулом Я. Ивановым. 25 января 1774 года они подошли к Гурьеву. Овчинников понимал, что штурмовать солидную по тому времени крепость – дело нелегкое. На семи башнях и по стенам были установлены 24 пушки, 7 гаубиц, мортира. В отряде же Овчинникова в это время находилось, по одним сведениям, 300 человек и три пушки, по другим – 200 человек при одной пушке.

Овчинников вступил в переговоры. Сначала он направил к атаману Филимонову сарайчиковского есаула Якова Иванова, Ивана Думчева и Семена Жерехова с тем объяснением, чтобы он, Филимонов, безо всякого кровопролития сдался. И Филимонов отказался. Овчинников послал еще одну депутацию.

Депутация «увещевала» старшину Филимонова, чтоб «оной с честью его Овчинникова встретил и сопротивление не чинил». Филимонов опять отказался. Тогда Овчинников приказал взять Гурьев с боем.

Пугачевцы пошли на приступ Бухарской стороной. Со стен, с того угла, где укрывались сторонники царских властей, заговорили пушки. Но огонь не причинял наступавшим существенного вреда – они шли по камышам. Подойдя вплотную, Овчинников «на первый по нем пушечный выстрел бросился на городовые стены, на коих были с той стороны одни бунтовщичьей стороны казаки, и с помощью их в город ворвался».

На дальнейший ход борьбы посмотрим глазами повстанца Ивана Чеганова: «и забравшись снизу от загородного строения, подошедши к градской стене, прямо через оную с помощью предоставившихся в городе казаков, которые нас сами через стены принимали, в город и вошли. И приближаясь к крепи, где старшина Филимонов с офицерами и подобными им находился, начали производить по ним пушечную и оружейную стрельбу. Однако ж напротив, того и он, Филимонов, со своей стороны таким же образом ответствовать не отступали, коей стрельбы не продолжалось более, по примеру, один час, отчего и последовал с обеих сторон урон людей. Сколько, с которой убито, не помню, однако та крепь нами штурмована». Комендант Мякишин был убит. Небольшой отряд Филимонова бежал, но был настигнут.

26 января выносится смертный приговор Филимонову, священнику Д. Семенову, писарю Жерехову – всего девяти сторонникам правительственных властей. Конфискуются денежные средства и ценности у купца Кулпина, переведенца Аршинова, священника Н. Иванова. Позже, по распоряжению из Уральска, реквизировали «множество разных вещей» у богатых казаков И. Щапова и И. Иванова.