По настоянию эсеров Гапон выехал из Петербурга в Женеву – главный центр зарубежной деятельности русских революционеров. В это время о священнике-революционере писали все европейские газеты, и имя его было у всех на слуху. В короткое время Гапон приобрёл за границей такую славу, какой в прошлом не пользовался ни один русский революционер. Гапон вскоре сблизился с эсерами, виделся Гапон также с теоретиком анархизма князем Кропоткиным и высоко оценил взгляды последнего. Чтобы подготовить народ к восстанию, Гапон писал революционные воззвания. Так, в «Воззвании ко всему крестьянскому люду» он писал: «Вперёд же, братцы, без оглядки назад, без сомненья да малодушья. Быть не должно возврата для богатырей-героев. Вперёд! Наступает суд, грозный суд, страшный суд над всеми нашими обидчиками, за все наши слёзы, стоны ведомые и неведомые. Разобьёмте оковы, цепи своего рабства. Разорвёмте паутину, в которой мы, бесправные, бьёмся! Раздавим, растопчем кровожадных двуногих пауков наших! Широким потоком вооружённого народного восстания прокатимся по всей русской земле, сметём всю нечисть, всех гадов смердящих, подлых ваших угнетателей и стяжателей. Разобьём вдребезги правительственный насос самодержавия – насос, что кровь нашу из жил тянет, выкачивает, поит, вскармливает лиходеев наших досыта. Да здравствует же народное вооружённое восстание за землю и волю! Да здравствует же грядущая свобода для всех вас, о российския страны, со всеми народностями! Да здравствует же всецело от рабочего трудового народа правление (Учредительное Собрание)! И да падёт вся кровь, имеющая пролиться – на голову палача-царя да на голову его присных!».

В феврале 1905 года Гапон выступил с инициативой созыва межпартийной конференции, которая должна была объединить все революционные партии России в деле вооружённого восстания. Идея такой конференции принадлежала финскому революционеру К. Циллиакусу. Гапон встречался с представителями одиннадцати революционных партий России – эсеров, меньшевиков, большевиков, Бунда, «Союза освобождения» и различных национальных партий. Женевская межпартийная конференция состоялась в апреле 1905 года. Председательствующим на ней был избран Гапон. Большевики и меньшевики отказались объединится и покинули конференцию.

В мае 1905 года Гапон на короткое время вступил в партию эсеров. Едва вступив в партию, он потребовал, чтобы его ввели в центральный комитет и посвятили во все конспиративные дела. В этом ему было отказано, и Гапон остался недоволен, так как не мог смириться с положением рядового члена партии. Гапон давал характеристику революционных партий: социал-демократов называл «талмудистами» и «фарисеями», а про эсеров говорил, что его не удовлетворяет их программа и тактика.

Идеология его новой организации строилась на принципе народной самодеятельности: чтобы «организация пролетариата в Рабочую партию велась бы снизу самим пролетариатом, а не сверху, оторванными от жизни интеллигентами

К осени 1905 года резко ухудшились отношения Гапона с революционными партиями. Попытка Гапона создать «Рабочий Союз» на внепартийной основе вызывала тревогу у революционеров, опасавшихся утратить влияние на рабочие массы. Идеология гапоновского «Союза» строилась на лозунге «рабочие для рабочих» и на недоверии к партийной интеллигенции. Революционные партии видели в Гапоне конкурента в борьбе за влияние на рабочих и поэтому обвиняли его в сотрудничестве с полицией, провокаторстве, стремлении к богатству. Но, как показали исследования после его смерти, Гапон был аскетом, бессеребренником, честным, бескорыстным человеком, который мог отдать последние сапоги или свои деньги нуждающимся.