17 октября 1905 года императором Николаем II был издан Высочайший Манифест, даровавший жителям России гражданские свободы. Одной из свобод, дарованных Манифестом 17 октября, была свобода собраний. У бывших членов «Собрания русских фабрично-заводских рабочих г. Санкт-Петербурга» появилось желание и возможность восстановить свою организацию.

В конце января Гапон написал на имя министра внутренних дел П. Н. Дурново письмо, известное под названием «покаянного письма» Гапона. В своём письме он, в частности, писал: «…9 января – роковое недоразумение. В этом, во всяком случае, не общество виновато со мной во главе…». Вскоре в прессе началась широкомасштабная кампания против Гапона и его окружения. Связь Гапона с правительством Витте, одинаково ненавистным как левым, так и правым партиям, сделала его одиозной фигурой, авторитет Гапона стал падать.

Гапон решил с помощью боевой организации эсеров совершить громкое убийство представителя власти, имея целью, во-первых, снять с себя обвинения о сотрудничестве с властями и, во-вторых, дать новый толчок революции. Его план состоял в том, чтобы эсер П. Рутенберг предложил себя полиции в качестве платного тайного сотрудника, агента-провокатора, который бы сообщал полиции о всех готовящихся эсерами террористических актах, но на самом деле заманил бы высокопоставленного полицейского или чиновника в ловушку. Гапон просил у полиции и предлагал Рутенбергу 50-100 тысяч рублей. Получилось так, что и в глазах полиции, и в глазах эсеров Гапон выглядел провокатором.

28 марта 1906 года Георгий Гапон выехал из Петербурга в Озерки по Финляндской железной дороге на встречу с представителем партии эсеров П. Рутенбергом, обещав к вечеру вернуться. Он был убит в Озерках группой боевиков-эсеров (по указанию ЦК партии эсеров боевики специально были отобраны по происхождение из рабочих-эсеров). Так как ЦК партии эсеров принял решение убить Гапона только одновременно с полицейским при передаче денег или переговорах (но Гапон приехал на встречу один), а, со слов П. Рутенберга, это решение ЦК до него доведено не было, то ЦК партии эсеров более двух лет не брал на себя ответственность за убийство Гапона.

Вернемся к Парвусу. За этим последовали налёты на банки, волнения в Кронштадте, Севастополе, Свеаборге, восстания на броненосцах «Потёмкин» и «Очаков». На протяжении всей весны и лета 1905 года Парвус призывал российских рабочих захватывать власть и формировать социал-демократическое правительство «рабочей демократии» и в октябре принял решение приехать в Россию лично для принятия участия в революционной борьбе на месте. В октябре 1905 года, с началом Всероссийской стачки, Парвус по подложному паспорту прибыл в Петербург. Как и Троцкий, ученик Парвуса, он опередил многих других эмигрантов-революционеров, которые вернулись в Россию только после провозглашённой царём амнистии. Троцкий и Парвус приняли непосредственное участие в создании Петербургского совета рабочих депутатов и вошли в его Исполнительный комитет, с 10 декабря 1905г. он – председатель Петербургского Совета рабочих депутатов  По словам Г. Л. Соболева, 1905 год стал «звёздным часом» Парвуса; он писал статьи и прокламации, был одним из тех, кто определял стратегию и тактику Петербургского совета и составлял проекты его резолюций, выступал с пламенными речами в Совете и на заводах, был популярен и влиятелен. В 1906 году Парвус был арестован и провёл несколько месяцев в Петропавловской крепости, имея возможность шить себе на заказ костюмы и шёлковые галстуки. Его приезжали навестить один из лидеров немецких социал-демократов К. Каутский и близкая подруга Парвуса Р. Люксембург. (Немного о Розе Люксембург: она приветствовала большевистскую революцию 1917 года в России, но уже в 1918 году она так писала о большевиках: