В четырнадцать лет по воле опекунов Шарля отправили в Париж, в частную школу, где готовили к богословскому обучению под руководством пастора Кюльма, автора известной биографии Лютера. Юного Вагнера посадили в поезд с указанием: «Завтра утром, когда объявят „Париж“, выходи». Так он очутился в огромном городе, едва понимая французскую речь и почти ничего не зная о новой жизни. Последовал год безутешной тоски, какими обычно платят все провинциальные мальчики за право жить в столице. Даже религия сначала давала лишь порывы набожности, когда душа рвалась обнять и спасти всех, даже дьявола, – но тут же сменялись паническим страхом перед жёсткой совестью. Спасением стало появление друга и привыкание к новому месту, со временем обернувшиеся счастливыми годами.

В 1869 году Вагнер получил степень бакалавра искусств в Сорбонне и стал студентом богословского факультета Страсбургского университета. Согласившись на место домашнего учителя, чтобы не отягощать мать расходами, он учился до 1875 года. В этот период грянула Франко-прусская война, завершившаяся аннексией Эльзаса и Лотарингии Германской империей, но Шарль почти не замечал происходящего вокруг: он был погружён в собственный духовный кризис, тянущийся со времён парижской юности, и лишь спустя годы осознал всю трагедию событий.

Его ум и сердце разбивались о религиозные догматы, привитые в детстве. Привычка ставить под вопрос всё, что он считал самоочевидным, приводила к сомнениям во всём подряд – пока не осталась лишь мучительная пустота. В этот период ему на глаза попали сочинения Спинозы: два года он буквально жил «Этикой», нашёл в ней радость и умиротворение, которых не знал с детства, и полюбил «неведомого святого», как называл Спинозу. Но возник новый перекос: он настолько уверовал в Бога-Абсолют, что всё остальное – история, свобода воли, добро, зло, судьбы народов – стало для него почти ничем. Познакомившись и с немецкой философией, и с мистиками (Таулером, Экхартом), Вагнер всё равно оставался в высоком «облаке» абсолютного бытия, вдали от реальной человеческой жизни.

«Но верить в Бога недостаточно, – писал он позже, вспоминая об этом времени. – Нужно ещё верить в человека, в человечество и его будущее». Постепенно это осознание становилось для него ясным, в особенности начиная с 1872 года, когда произошли два ключевых события. Первое – он увидел Альпы и, глядя на огромные горные гряды, впервые физически ощутил противостояние и единство «колоссальной реальности» и «неизменного Абсолюта», словно в подтверждение слов Писания: «Прежде нежели родились горы… от века и до века Ты – Бог». Второе – он вернулся домой и увидел свою мать, тихо и стойко несущую бремя повседневных забот. Её пример возродил в нём ту детскую веру, что была когда-то так естественна. С этого момента Вагнер обрёл любовь ко всему человечеству именно в его земных трудах и страданиях и ясно понял, что нет ничего прекраснее, чем видеть, как люди в неприметных уголках жизни стремятся к свету и совершенству.

Обретя душевный покой, он окунулся в студенческую жизнь Страсбурга: песни, шутливые стихи, ночные прогулки и горячие споры. В 1875 году вместе с тремя земляками-эльзасцами он уехал в Гёттинген, где довёл богословское образование до конца. Но под занавес пребывания там ему довелось на собственном опыте познать прелесть безденежья, когда сосед по комнате внезапно исчез, не заплатив по счёту, – и об этом эпизоде Вагнер позже весело вспоминал в своей книге «La Vie Simple» и «L’Ame des Choses».

Вернувшись в Эльзас, Шарль год прослужил помощником у престарелого пастора Несслера в Баре, у подножия горы Сент-Оди́ль. Здесь каждое воскресенье он произносил проповеди на немецком языке, помогая старому наставнику, но приглядываясь к последствиям недавней аннексии Эльзаса, которую теперь чувствовал всем сердцем. Он стал углублённо учить французский, писать черновики проповедей на этом языке, готовясь к жизни за границей – не оттого что возненавидел Германию и влюбился во Францию, а потому что понять и принять новую политическую реальность было очень трудно. В итоге в 1882 году он оказался в небольшом городке Ремирмоне во французской части Вогезов, где в полной мере отточил проповедь на французском, но почувствовал, что и этого места ему мало. Он захотел быть ближе к «живому центру» и в том же году снова поехал в Париж.