Жандармерия и полиция, шпики и провокаторы были немедленно подняты на ноги. В Кишиневе, Киеве, Одессе, Унгенах, Могилеве-Подольском – везде велся активный поиск. У домов сестер Котовского в Ганчештах были выставлены секреты.

Котовский же прятался в Кишиневе в доме № 20 по улице Гончарной у Михаила Романова. Но недолго гулял Гриша улицами Кишинева. Уже 5 сентября 1906 года пристав кишиневского городского участка Хаджи-Коли с тремя сыщиками ловит Котовского на одной из улиц Кишинева.

Биографы Котовского считают, что Хаджи-Коли удалось подкупить эсера Еремчия и тот указал лишь район города, где скрывался Котовский. Хаджи-Коли лично проверял полицейские засады в этом районе… и в одну из таких проверок он лично наткнулся на Тиобашевской улице на проходящего улицей Гришу Котовского. Котовский бросился вверх по улице, а за ним устремились полицейские. Тогда Котовскому удается убежать, несмотря на две полицейские пули, застрявшие в ноге. Раненый Котовский успел скрыться в квартире своих знакомых – Прусаковых. Те оказали ему помощь, перебинтовали рану, приютили на несколько дней. Потом Котовский вернулся на квартиру («малину») к Михаилу Романову. Провокатор Еремчий сообщил в полицию точный адрес, и дом Романова оцепили полицейские. Наконец, 24 сентября 1906 года, вездесущий пристав Хаджи-Коли, который «специализировался» на поимке Котовского, хватает разбойника у его «конспиративной квартиры». Котовский тогда выпрыгнул из окна во двор соседнего дома и даже перепрыгнул через забор, но наскочил на засаду и снова был ранен.

Очутившись в камере, Котовский вновь готовит побег. В его постоянно охраняемой камере во время обыска обнаруживают револьвер, нож и длинную веревку! Вскоре Котовский вновь попытался бежать вместе с заключенными-анархистами. Анархистам грозила смертная казнь за нападение на кишиневскую контору банкира Белоцерковского. Подкоп начали из камеры политзаключенных в «Крестовой» башне, однако нашелся провокатор, и двухмесячный труд оказался напрасным.

Суд над Котовским начался 13 апреля 1907 года. Рядом с руководителем отряда оказались его боевые товарищи Демянишин, Пушкарев. Судебное решение поразило многих относительно мягким приговором – десять лет каторги: тогда и за более мелкие преступления казнили. Защитники Котовского убеждали суд в том, что часть награбленного Котовский раздавал бедным, но доказать этого не могли. Сам Котовский на суде заявлял, что занимался не грабежами, а «борьбой за права бедных» и «борьбой против тирании».

Высшие судебные инстанции были не согласны с мягким приговором и провели повторное рассмотрение дела. Следствие выявило, что банду Котовского «прикрывали» высокие полицейские чины, что полицейские снабжали «котовцев» оружием и сбывали награбленное «котовцами».

Для организации побега из тюрьмы Котовскому необходимо было протянуть время до суда, ведь суд обязательно приговорил бы его к каторге. А его подельники могли устроить побег только в Кишиневе. Тогда Котовский, чтобы затянуть следствие (или по каким-то иным причинам), решает «сдать» своих покровителей из полиции. Котовский заявлял, что попросту подкупил продажных полицейских и филеров. Так, секретный агент Новацкий, состоявший непосредственно при губернаторе и получавший по 50 рублей за каждого арестованного по его доносу «опасного преступника», столько же брал и с Котовского «за услуги».

Не вызывает сомнений тот факт, что Котовского «вели» определенные полицейские чины, что позволяло ему долгое время уходить от преследования и бегать из Кишиневского тюремного замка.