Само поселение на Лехе тем временем росло и развилось, достигнув в XIII веке размеров города, самого большого в районе Восточный Альгой. Хотя нет никаких документальных свидетельств о предоставлении ему городских прав, в одном из документов 1295 года Фюссен упоминается именно как город.

Фюссен19

В 1313 году император Генрих VII заложил за 400 марок серебром область имперского фогства (Reichsvogtei) Фюссен епископу Аугсбурга Фридриху I. После смерти Генриха VII в том же году между кандидатами на престол герцогом Австрии Фридрихом I Красивым и герцогом Баварии Людвигом IV разгорелась длительная и дорогостоящая война, так что долг возвращён не был, а залог обратно не вызывался. В середине века император Карл IV Люксембург полностью передал райхсфогство Фюссен в собственностью архиепископов Аугсбургских, сделавших Фюссен своей летней резиденцией и построивших здесь свой замок.

В Средние века и в Раннее Новое время Фюссен развивался за счёт транзитной торговли, в основном солью. Помимо этого, в городе занимались изготовлением скрипок и лютен, а в 1562 году в нём возникла первая в Европе ремесленная гильдия по производству таких инструментов. Скрипичных дел мастера из Фюссена были тогда востребованы во многих европейских центрах культуры, куда они зачастую переселялись для создания там своих мастерских.

С 1486 до 1505 года по инициативе аугсбургского епископа Фридриха II фон Цоллерна была проведена обширная реконструкция их резиденции в Фюссене – «Высокого замка» («Hohe Schloss»). Во время «Шмалькаденской войны» 10 июля 1546 года католический Фюссен был занят протестантскими войсками южно-немецких городов под командованием Себастьяна Шертлина фон Буртенбаха.

Во время «Войны за австрийское наследство» (1740—1748 гг.), в которую были втянуты многие европейские державы, Фюссен на короткое время приобрёл надрегиональное значение, когда здесь 22 апреля 1745 года представители Баварии и Австрии заключили сепаратный «Фюссенский мир», по которому баварский курфюрст Максимилиан III Йозеф, преемник умершего императора Карла VII Альбрехта, отказывался от претензий на императорскую корону и обладание Австрией.

В 1798—1799 гг. Фюссен был занят австрийскими войсками, а через год – французскими. После проведённой в 1803 году в Священной Римской империи секуляризации церковных земель, в т. ч. Аугсбургского епископства, Фюссен перешёл Курфюршеству Бавария. Исключение составил основанный в 1628 году францисканский монастырь Фюссена, перешедший Тевтонскому ордену, и монастырь Святого Магнуса, оказавшийся во владении княжеского дома Оттинген-Валлерштайн. Тем не менее, оба монастыря в 1805—1806 гг. перешли Баварии, ставшей с 1 января 1806 года королевством.

В XIX веке бывший епископский «Высокий замок» был летней резиденцией баварского наследного принца. В городе начало развиваться текстильное производство, работала фабрика по производству канатов с 750 рабочими. Благодаря своим минеральным источникам и лечебным грязям Фюссен стал одним из известнейших курортов Германии. Развитию города во многом способствовала постройка в 1899 году железной дороги, соединившей Фюссен и Кауфбойрен. Также в XIX веке на реке Лех для борьбы с наводнениями была построена плотина, в результате чего появилось искусственное озеро Форгензее.

Улицы Фюссена20

В XX веке Фюссен, продолжая оставаться важным курортом, стал также крупным туристическим центром, главным образом из-за расположенных поблизости от Фюссена всемирно известных замков баварских королей Нойшванштайн и Хоэншвангау.