В 1810 году под давлением императора Франции Наполеона Бонапарта Бавария уступила западную часть бывшей ротенбургской области Вюртембергу, сделав его пограничным городом. Новое пограничное положение обострило экономический кризис в городе и его окрестностях.

Только в последней трети XIX века в городе началась индустриализация и промышленный рост. Этому в немалой степени способствовало открытие в 1873 году железнодорожного сообщения. Жители Ротенбурга тогда занимались производством детских колясок, игрушек, золотых и серебряных изделий, устройств для мельниц, сельскохозяйственных машин, пива, красок, порошков, гипса. В сфере сельского хозяйства развивалось виноградарство. Промышленное развитие потребовало развитие городской инфраструктуры, в частности, в 1869 году был введён в строй второй городской водопровод (первый появился ещё в XV веке). Индустриализация привела к увеличению численности населения Ротенбурга с 5 382 в 1871 до 8 612 человек в 1910 году. На рубеже столетий Ротенбург стал популярным местом туризма у англичан и французов.

Незадолго до окончания Второй мировой войны 31 марта 1945 года 386 американских военных бомбардировщиков разрушили примерно 40% зданий Ротенбурга. Разрушение коснулось преимущественно новой восточной части города, так что наиболее значительные памятники архитектуры в старой части уцелели. 17 апреля 1945 года Ротенбург был освобождён наступавшими американскими войсками.

В течение следующих послевоенных лет город был восстановлен в старом стиле. Благодаря беженцам и переселенцам возросла численность населения Ротенбурга с 8 939 в 1939 до 11 924 человек в 1971 году. До административной реформы 1 июля 1972 года Ротенбург был городом окружного подчинения и столицей района Ротенбург-на-Таубере.

Возникновение Фюссена восходит к римским временам. Это место развивалось благодаря расположению на римской дороге Клавдия Августа (Via Claudia Augusta), связывавшей северную Италию и столицу римской провинции Реция Аугуста Винделикум (современный Аугсбург). С середины III века н. э. на замковой горе Фюссена находился укреплённый римский военный лагерь, в котором располагался III-й Италийский легион, хотя возможно предположить, что ещё с I века н. э. здесь находилась одна из дорожных станций отдыха. Построенная римлянами на этом месте военная крепость контролировала эту военную дорогу. В середине I тысячелетия н. э. в ходе «Великого переселения народов» сюда пришли германские племена, основавшие на месте крепости поселение, впоследствии развившееся в современный город. Его название Фоэтибус (Foetibus), латинизированное от германского fot (нога), в течении веков постоянно изменялось: Фоцен (Fozen, 1147), Фоцин (Fozin, 1188), Фуоццен, (Fuozzen, 1206), Фюццен (Füzzen, 1366) и, наконец, нынешнее «Фюссен» (с 1424 года).

По преданию, в 748 году миссионер бенедиктинского монастыря Святого Галла в Швейцарии Магнус построил здесь себе келью, на основе которой при деятельном участии аугсбургских епископов во второй половине VIII века вырос монастырь Святого Магнуса, ставший центром аббатства и подчинённый Аугсбургскому епископству.

В более поздние времена наместничество (фогство) над Фюссеном принадлежало влиятельному роду Вельфов; со временем он стал их собственностью. В 1191 году в числе прочего вельфского наследственного недвижимого имущества Фюссен был куплен родом Гогенштауфенов. После вымирания их рода со смертью последнего Гогенштауфена Конрадина в 1268 году Герцогство Швабия, а с ним и Фюссен, перешло во владение императора Священной Римской империи.