15 января 1946 года, после долгих странствий Ауфшнайтер и Харрер едва живые добрались до Лхасы. Помимо тягот тяжелейшего пути, им приходилось уживаться друг с другом – сказывалась большая разница в характерах. Первые несколько месяцев в столице Тибета прошли в напряженном ожидании депортации в Индию, чего требовали британские власти. Однако благодаря, в том числе, стараниям британского и непальского представителей в Лхасе Хью Ричардсона и Кайшера Бахадура (который впоследствии стал другом Ауфшнайтера) вопрос о высылке сначала был отложен, а впоследствии никогда более не поднимался.

В течение следующих нескольких лет Ауфшнайтер работал на тибетское правительство. Он занимался вопросами сельского хозяйства, в частности, улучшением семенного фонда, под его руководством был сооружен первый ирригационный канал на Тибетском нагорье. Кроме того, Ауфшнайтер, по всей видимости, стал первым исследователем, занявшимся археологическими раскопками в Тибете. Также при его участии разработали план по увеличению мощности электростанции в Лхасе. Петер писал своему другу Эрнсту Райшу в Кицбюэль: «С 23 декабря 1947 года – вот уже несколько месяцев – я работаю в Лхасе – создаю план города. Нахожусь официально на службе у тибетского правительства, был назначен декретом регента».

Таким образом, Ауфшнайтер стал тибетским госслужащим. Ему очень нравились тибетцы, и они также полюбили этого молчаливого тирольца. Круг общения Петера был весьма широк. У него сложились прекрасные отношения как с должностными лицами в правительстве, так и с членами семьи Далай-ламы.

Когда в начале 1950 года китайцы вторглись в Тибет, в западной прессе появилось множество спекуляций на тему пребывания в стране двух австрийцев. Утверждалось, что они отвечают за возведение укреплений и фортификационных сооружений, помогая тибетцам противостоять захватчикам. Об этом в номере от 19 августа 1950 года писала газета Wiener Wochenausgabe, а также London Daily Herald. Отмечалось, что один из австрийцев даже командует тибетской армией[8]. Пауль Бауэр опроверг эти слухи. В действительности и Харрер, и Ауфшнайтер в это время продолжали заниматься своей работой.

20 декабря 1950 года Петер покинул Лхасу. К этому времени Харрер уже был на полпути к Южному Тибету, в марте 1951 года он пересек границу с Индией. Ауфшнайтер же собирался оставаться в Тибете как можно дольше, поскольку не находил в себе сил расстаться со страной. Ему удалось задержаться на Тибетском нагорье еще на десять месяцев.

Вскоре прошел слух, что Ауфшнайтер пропал без вести, и принцесса Кукула – сестра правителя Сиккима и тибетка по происхождению – направила в Южный Тибет поисковую партию, которая, однако, не нашла Петера. Он в это время был значительно западнее – посетил расположенный у подножия Эвереста монастырь Ронгбук, который еще не успели разрушить китайцы, и поднялся к точке, где шедшие на Эверест в 1920-х годах британские экспедиции устанавливали второй высотный лагерь. Трудно представить, насколько большие расстояния преодолевал Ауфшнайтер без надлежащего снаряжения, одежды и обуви, путешествуя по местности со сложным рельефом и высокогорными перевалами. Это притом, что одна нога у него была повреждена еще в молодости в ходе одного из восхождений.

Когда китайцы заняли почти весь Тибет и подошли вплотную к границе с Непалом, Петеру не оставалось ничего более, как покинуть страну, которую полюбил и в которой собирался остаться навсегда. По пути он продолжал заполнять на карте белые пятна, в частности, исследовал окрестности Шиша Пангмы