Болгарский юрист Ботушарова отмечала, что в различных статьях президентского проекта Совет Федерации и Государственная Дума перечислялись в разной последовательности. В окончательном тексте Конституции этот недочет устранен. Она также указала, что в первоначальном проекте практически ничего не говорилось о том, какие занятия не совместимы со статусом депутата. Проект, вынесенный на референдум, сформулировал соответствующие положения.

Исключительное внимание эксперты уделили судебной власти (глава 7 „Судебная власть“) в силу ее роли в обеспечении принципа разделения властей, федеративного устройства Российского государства. Особое место эксперты отводят Конституционному Суду, его независимости, полномочиям, в особенности праву давать толкование Конституции. Толкование Конституции имеет не меньшее значение, чем ее текст. К примеру, как отмечали эксперты, степень охраны Конституции через президентские полномочия следует определять путем толкования Конституции. Поэтому эксперты (Ла Пергола и др.) настаивали на включении в число полномочий Конституционного Суда права толкования Конституции, что практически было реализовано. Сильная независимая судебная власть, как считают эксперты, может придать федерализму в России большую сбалансированность, жизнеспособность.

В окончательном проекте Конституции учтены замечания Ла Перголы и других экспертов о необходимости указания органов, по запросам которых Конституционный Суд выносит решения и дает заключения, о юридической силе решений Конституционного Суда и др.

Ряд критических замечаний Венецианской комиссии направлен на усиление принципа независимости судей, не исключая их ответственности перед законом. Подчеркивается необходимость уточнения функции „судебного надзора“ Верховного Суда и Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации. Португальский профессор Пиментель отмечал, что функция „надзора“ Верховного Суда и Высшего Арбитражного Суда за деятельностью нижестоящих судов противоречит мировой практике, в которой суды высшей инстанции осуществляют контроль за нижестоящими только посредством рассмотрения апелляций на их решения. Автор также считает, что установленный в Конституции порядок назначения судей федеральных судов „чреват опасностью чрезмерной политизации членов указанных судов, что может подорвать принцип разделения властей“.

Эксперты обратили внимание на отсутствие в Конституции определения функций и полномочий Прокуратуры, Уполномоченного по правам человека. Что касается Прокуратуры, то такой подход был продиктован его остро дискуссионным характером.

По мнению итальянского профессора Бартоле, излишняя лаконичность присуща главе 8 „Местное самоуправление“. В частности, в ней отсутствуют гарантии от ограничений местного самоуправления со стороны органов государственной власти. По предложению Бартоле в окончательном тексте Конституции восстановлено положение о необходимости учета местных обычаев и традиций при осуществлении местного самоуправления. Он также высказывал опасение, что, поскольку установление общих принципов организации системы органов местного самоуправления находится в совместном ведении Федерации и ее субъектов, это может привести к соперничеству между ними и, следовательно, к ограничению автономности и независимости местного самоуправления.

В главу 9 „Конституционные поправки и пересмотр Конституции“ по предложению Бартоле включено положение об одобрении поправок к главам 3–8 Конституции двумя третями от общего числа субъектов Российской Федерации. Эксперты отмечают, что народу не предоставлено право внесения предложений о поправках или пересмотре Конституции Российской Федерации, а также не сказано, кто и в каком порядке принимает решение о проведении всенародного голосования вместо принятия проекта Конституции Конституционным Собранием. В Конституции не указан порядок внесения в Конституцию изменения названий субъектов Федерации.