Захват Крыма турками сделал бесполезными все усилия католических миссионеров, которые любыми способами старались привести православное население под власть Рима. После этого католическое миссионерство прекратилось, и католики не стали оказывали никакого серьезного влияния на христианство в Крыму. Униатство осталось только на бумаге, тем более что церковный Собор 1485 года официально объявил о непризнании унии. Кстати, на этом Соборе присутствовал и православный митрополит Сугдеи Феофан. Все же католики «не забывали» Крым. В Польше с 1493 по 1664 год существовал почетный титул епископа Кафийского, хотя эти епископы не имели никакого отношения к Крыму и там никогда не бывали.

Для организации взимания налогов с населения покоренных территорий, турки поделили новые владения на кадилики[56] – Кафийский, Сугдейский и Мангупский, где разместили гарнизоны и создали административный аппарат. Для «неверных» (христиан и иудеев) была введена особая подушная подать – харадж, который превышал налоги с мусульман.

Турецкие власти поначалу относились к православному населению терпимо (это не относится к моменту захвата турками крепостей и селений). Лояльность турок была связана не с их веротерпимостью, а с тем, что большинство новых турецких подданных составляли именно православные люди. В это время, как пишет крымский историк В. Ю. Юрочкин, «христианство на Крымском полуострове стало залогом консолидации его жителей. Именно церковь как хранитель культуры и языка сыграла ведущую роль в становлении новой этнической общности, позднее названной крымскими греками: греками не по происхождению, а по вере».

Сохранилось епархиальное устройство и церковное общение с Константинопольским патриархатом. Сугдейская митрополия, хотя и перестала существовать, но была учреждена Кафийская митрополия. В последствии она была объединена с Готской епархией и стала называться Гото-Кафийской епархией. Правда, точное время ее образования неизвестно. Не исключено, что это произошло вскоре после захвата Кафы и утраты власти генуэзцами. А утрата власти генуэзцев лишала Рим, контролирующий и католиков, и униатов, влияния на христианское население. Нельзя не согласиться с Юрочкиным, «что масса населения, как из числа оставшихся в городе, так и вновь в нем поселившихся, долгое время оставались вне Церкви».

Первое сведение о православной Кафийской митрополии относится к 1546 году. В документах 1565, 1590 и 1604 годов также имеются упоминания о кафийских митрополитах. По свидетельству современников, в Кафе было от 12–ти до 16–ти православных храмов. Такое расхождение в подсчетах связано, скорее всего, с тем, что после захвата города турки превратили многие храмы в мечети. Когда в городе были построены новые мечети, возможно, некоторые храмы были возвращены христианам.

Несмотря на отдельные проявления почитания православных святынь, и татарские и турецкие власти всячески препятствовали распространению православия в Крыму. Запрещалось строительство новых церквей, поэтому приходилось реконструировать и восстанавливать старые церкви. А разрушенных церквей, как и величественных строений, было очень много. О состоянии православных христиан написал Мартин Броневский, посол польского короля Стефана Батория к крымскому хану Мухаммеду-Гирею II, в 1578 году, посетив Кафу или Феодосию, «один из славнейших городов Таврического полуострова». Этот город, пишет Броневский, «лет сто тому назад, турки отняли у греков, тогда жители его доведены были до такой крайности, что теперь осталась одна тень их существования…»