Царствование Эхнатона стало временем масштабной религиозной реформы, которая потрясла устои традиционного древнеегипетского общества, цивилизации и культуры. В своих преобразованиях Аменхотеп IV опирался на неродовитых служилых людей, так называемых «немху» (что означало «сироты», в переносном смысле). Однако радикализм реформы возник не сразу, а первые преобразования Аменхотепа IV были несущественными. В начале правления он прибавил к своему имени формулу «исключительный для солнца», культу солнца теперь уделялось ещё больше внимания, чем прежде, о чём свидетельствует оформление гробниц знати. Тем не менее, сначала Аменхотеп не порывал с устоявшимися культами, на первых памятниках своего царствования он ещё молится Амону. В конце того же 4-го года правления, уже после «воцарения» Атона, верховному жрецу Амона Маи фараон поручал добычу камня для своего изваяния в каменоломнях Восточной пустыни. Решение сделать ранее малоизвестного бога Атона, олицетворяющего солнечный диск, верховным божеством возникло не позднее 2-го года правления Аменхотепа, поскольку в этом году он повелел начать в Фивах строительство грандиозного храма Атона, неподалёку от храма Амона.

Примечательным является изменение в технологии строительства. Вместо крупных вытесанных блоков в сооружении храма были использованы небольшие строительные блоки размерами 52x26x24 сантиметра «талататов». Использование талататов позволяло значительно ускорить строительство. Отделка стен нового храма производилась по мере их возведения.

На храмовых рельефах Атон изображался в образе человека с головой сокола, увенчанной солнечным диском. Около третьего года царствования способ изображения Атона изменился. Прежний образ человека с головой сокола и солнечным диском заменился новым – диск с солнечной или царской змеёй (уреем) спереди и множеством устремлённых вниз лучей с кистями человеческих рук на концах. В дальнейшем Атон изображался только так. Таким образом, представление Атона практически утратило антропоморфные черты.

Фиванский храм Атона предназначался для «праздника хвоста», который Аменхотеп IV объявил на 4-ом году правления сразу после окончания строительства храма. Проведение этого культового праздника в первые годы правления было необычным, поскольку его смысл заключался в ритуальном «омоложении» духа фараона и получении им благословения от богов всех земель Египта. Например, отец Аменхотепа IV также проводил «праздник хвоста», но на тридцатом году своего правления. Однако для Аменхотепа IV празднование имело другой смысл. В своём храме он получал благословение только от Атона и никаких других богов. Таким образом, фараон становился божественным воплощением исключительно Атона, а сам бог занимал центральное место в культе. И всё же в это время Атон явно не преподносился как единственное божественное начало, поскольку на рельефах храма присутствуют изображение богини Селкет, в оформлении статуй использовалась корона с перьями бога Шу, а надписи включали гимн Хатхор, из которого, однако, были исключены все упоминания о множестве богов. Тем не менее, все центральные божества Нового царства – Амон, Птах, Тот, Осирис, Хор, Анубис – были полностью исключены.

Культ Атона введён Аменхотепом IV на пятом году его правления, и статус Атона возвысился до уровня высшего божества, однако после этого всё ещё продолжалось поклонение традиционным богам. Атон был объявлен царствующим фараоном. Обозначение солнца с этого момента писали в картушах, как имя фараона. После обозначения солнца добавляли «жив, цел, здоров», как это делалось при упоминании фараона. Летосчисление велось от начала царствования Эхнатона, но после обозначения года сначала назывался Атон, а затем фараон. Таким образом, Эхнатон стирал границу между солнцем и собой. С приблизительно 9 года правления Эхнатона имя Атона заключалось в два картуша.