Изменилась и культовая практика. Традиционно сакральные ритуалы исполнялись не просто в храме бога, но в специальном изолированном помещении, расположенном в глубине храмовых помещений – святилище, где хранилась статуя божества. Эхнатон перенёс культовые действия из святилищ на открытый воздух. Теперь богу солнца служили под лучами самого солнца. Архитектура храма планировалась так, чтобы избежать появления теней настолько, насколько это было возможно. С этой целью исключались перемычки над проходами.

Внимание другим божествам уделялось значительно меньше, что изменило экономическое положение в стране, особенно в культовом центре Амона – Фивах. Здесь имя Амона сбивалось с фресок, что вводило в гнев некогда могущественных жрецов Амона.

На 5 год правления фараон сменил своё имя Аменхотеп («Амон доволен») на Эхнатон («Полезный для Атона») и в 300 км к северу от Фив начал строительство новой столицы – Ахетатона («Горизонт Атона», ныне городище Тель эль-Амарна), ставший также культовым центром Атона. Новые личные имена получили также члены его семьи и его сановники. Фараон вместе со своим двором покинул враждебные ему Фивы и переехал в ещё недостроенную новую столицу. Эхнатон правил всеми египтянами, но его механизмы, которые он использовал для привлечения людей в новую столицу, неизвестны.

Там был сооружён огромный дворец Эхнатона, построенный в основной своей части из белого камня. Этот дворец считают самым большим из всех гражданских зданий древности.

Ахетатон был объявлен фараоном местом, которое не принадлежало ни богу, ни богине, ни властителю, ни властительнице; местом, которое само солнце избрало для себя. Пропорции города соответствовали пропорциям «Дома Атона». Таким образом, сам город становился сакральным. Тем не менее, прочие боги не были полностью отвергнуты. Пограничные плиты города, высеченные при основании Ахетатона, упоминают богов и богинь. Кроме того, фараон клялся устроить в новой столице гробницу для священного быка, почитавшегося в Гелиополье как явление солнца.

Годы правления Эхнатона сопровождались ломкой старых канонов искусства, вырабатывался новый художественный стиль. Для амарнского искусства характерны реализм, светскость, что просматривается в портретных изображениях царственной семьи. В Ахетатоне Эхнатон создал благоприятный климат для развития искусств оригинального стиля, сочетавшего динамику, гибкость линий и чувственность, что не совпадало с предыдущим монументальным каноном. Впервые в египетском искусстве появляются светские образы царственной четы, необычным для египетского искусства является появление царицы в военной короне.

Амарна стала переломной эпохой и для египетской словесности: новоегипетский язык с этого времени окончательно вытесняет более древний среднеегипетский; создаются шедевры египетской поэзии – любовная лирика, получившая широкое распространение в Египте во второй половине Нового царства, и «Гимн Атону», авторство которого иногда приписывается самому фараону. Джеймс Брэстед усмотрел в нескольких метафорах параллели между «Гимном Атону» и 104 библейским псалмом.

К 9-10 годам правления Эхнатона относятся первые известные нам случаи преследования бога отверженной столицы – Амона, его имя попало под запрет. Около 12-го года нетерпимость Эхнатона к другим богам дошла до крайности. Атон был провозглашен единственным божественным началом, культы всех прочих богов были запрещены, храмы закрыты, а жрецы, возможно, разогнаны. Стремясь пресечь почитание богов, Эхнатон приказал повсеместно уничтожать их имена и в некоторых случаях изображения.