Особенно тщательно стиралось и соскабливалось имя Амона, а также имена Мут и Хонсу – составляющие вместе с Амоном так называемую фиванскую триаду. Фараон не щадил даже личного имени отца «Аменхотеп» и уродовал его, уничтожая составную часть из имени Амона, или заменял царским именем «Ниб-маат-Ра». Слово «мать» (мут) в гробнице Тии он писал фонетически, чтобы избежать правописания при помощи знака коршуна, которым писалось имя богини Мут. В письме было исключено использование знака бараньей головы, символизировавшего Амона. Этот же знак стирался в старых надписях. В изображениях уничтожались рисунки гуся, который также являлся священным животным Амона. Масштаб проделанных работ по стиранию имен и знаков богов свидетельствует о том, что для их осуществления были задействованы значительные силы. В пределах всей страны имя Амона и его изображения истреблялись на стенах храмов, на обелисках, на изваяниях, на плитах, в гробницах, на амулетах, даже в письмах иноземных правителей. В тот же период из речи исключили само слово «бог». Даже Атона больше не называли богом, теперь его и фараона именовали правителями.

Тем временем Атону возводились храмы по всему Египту (Фивы, Ахет-Атон, Гем-Атон, Гелиополь, Мемфис, Гермополь, Фаюм). Эти храмы наделялись большими земельными массивами, охотничьими и рыбными угодьями, скотом, пастбищами, обеспечивались рабочей силой. Был учрежден большой штат жрецов – служителей культа Атона. Они, как это видно из памятников той поры, были в основном представителями новой служилой знати.

Столь радикальные преобразования должны были вызвать сопротивление жречества и знати. Однако если сопротивление имело место, сведения об этом до нас не дошли. Некоторые туманные намёки на расправы с неугодными фараону можно усмотреть в надписи Туту – главного жреца Атона. Он упоминает, что всякий непокорный воли фараона будет казнён, а его тело сожжено. Последнее обстоятельство особенно важно, так как уничтожение тела для египтян означало окончательное прекращение существования.

Идея о том, что Эхнатон был пионером монотеистической религии, которая позже стала иудаизмом, рассматривалась различными учеными.

Общепризнано, что между Великим гимном Эхнатона Атону и библейским псалмом 103 существует сильное стилистическое сходство, хотя эта форма письма была широко распространена в Древней ближневосточной гимнологии как до, так и после этого периода.

Источники о последних годах правления Эхнатона скудны, в первую очередь из-за последующих попыток уничтожить память о нём. Хронологию позволяют проследить печати от кувшинов для вина, на которых писали год правления фараона. Последний известный год правления Эхнатона – 17-й.

Культ Атона, возвышение новой знати и внешнеполитическое ослабление государства порождали оппозицию старой элиты, включая жречество. Помимо внешней политики Эхнатон уделял мало внимания и внутренним делам, что приводило к самоуправству местных чиновников, от которого страдало население. Религия Эхнатона была элитарной. Она вращалась вокруг фигуры царя и его приближённых. Абстрактный, элитарный культ Атона, лишённый мифологии, был далёк от повседневных проблем и чаяний народа, не понимавшего смысла нововведений и всё более страдавшего от начавшегося экономического упадка. Раскопки показали, что даже в Ахетатоне простые жители дома отправляли ритуалы прежних богов. В последние годы правления Эхнатона Египет и восточное Средиземноморье постигла эпидемия, которая без сомнения ослабила власть фараона и его двора. После смерти Эхнатона на введённый им культ был наложен запрет, и верховным божеством поклонения вновь стал Амон. Однако, вероятно, что культ Атона не исчез сразу – идеи Эхнатона поддерживались рядом людей ещё на протяжении одного поколения.