Сама церемония происходила в Успенском соборе Московского Кремля в марте 1649. На церемонии возведения в епископский сан присутствовал лично царь, а саму процедуру возведения вел Патриарх Иерусалимский Паисий, находившейся на тот момент в Москве и с которым у Никона были дружеские отношения. Существует мнение, что именно Паисий убедил Алексея Михайловича назначить Никона на епископскую службу.

Несмотря на то, что принятое Соборное уложение 1649 года всячески ограничивало и притесняло правовые, юридические и имущественно – отчинные церковные права, для Никона были сделаны исключения. Он стал первым и единственным, кто получил право совершать суд над духовенством и церковными людьми в Новгородской епархии как по духовным, так и по гражданско-правовым делам. Также в его полномочия входил строгий надзор за исполнением решения суда. Была выделена собственная дружина для реализации судебных решений. Архимандрит Никон активно пользовался дарованными ему лично привилегиями. Все это вместе с активной благотворительной деятельностью помогло Никону стать очень популярным среди простого народа. Он открыл 3 богадельни, организовал отряд для кормления бездомных и хоронил нищих за свой счет.26

Во время епископства Никона в Новгороде случилось событие, получившее название Новгородский хлебный бунт 1650 года. Причиной этого события являлось резкое повышение цены на хлеб из-за решения Столбовского мира27 со Швецией. В ходе данного события Никон проявил себя как настоящий миротворец, всячески старался путем церковной проповеди не допустить катастрофы, тем самым спасая обычных людей. Одним из самых известных случаев, когда Никон проявил свои миротворческие способности, стало спасение воеводы Хилкова28 от толпы, которая собиралась его разорвать. Сам воевода прятался в доме Никона. Никон храбро вошел в толпу и начал ее успокаивать. В ответ на это толпа его избила. Никон все равно продолжал уговаривать разъяренный народ успокоиться и у него это получилось. В момент прибытия карательных отрядов из Москвы, Митрополит просил за новгородский народ перед начальником карательных сил Хованским и сумел достичь мира. После этого еще больше людей полюбило Никона.

Также он позволил открыть церковные амбары для хранения зерна и муки, чтобы предотвратить спекуляцию и сбить цену до среднего значения. По его приказу в монастырских пекарнях стали выпекать постные лепешки и раздавать их бедным.29 Его действия способствовали улучшению ситуации в Новгороде и помогли многим людям выжить, так как подобный бунт мог из локального вылиться в настоящую гражданскую войну с огромным количеством жертв.

Спустя три года на митрополитской службе, Никон получил возможность стать Патриархом Московским и всея Руси. Это произошло после неожиданной кончины Патриарха Иосифа в 1652 году, с которым у Никона были непростые отношения. Они не складывались из-за того, что Патриарх Иосиф был противником кружка ревнителей благочестия и всех преобразований боголюбцев: от отмены многоголосия до исправления церковных книг.

Сразу же после смерти Иосифа встал вопрос о том, кто займет место Патриарха Московского и всея Руси. Изначальный выбор состоял из 13 человек, приближенных к Иосифу и царю. Естественно, основным претендентом кандидатов являлся Никон. Еще одним вариантом был Стефан Вонифатьев, священнослужитель Благовещенского собора и один из сторонников кружка ревнителей благочестия. Стефан Вонифатьев отказался, поскольку прекрасно знал, кого царь видит на этом месте.30

Обычно проводившаяся процедура тайного голосования была на этот раз отменена. Царским решением Никон был выбран на поставление новым Патриархом. Для Никона, это решение не было неожиданным, но для него очень важно было взвесить все за и все против и принять взвешенное решение. Из-за своей непопулярности среди боярства и сторонников Патриарха Иосифа, которые прекрасно понимали, что этот фаворит царя начнет проводить реформы, разработанные и поддержанные Алексеем Михайловичем и Боголюбцами, у Никона было не так много сторонников. Именно поэтому первый раз он отказался от титула Предстоятеля. Во-вторых, подобные отказы патриарха признать свою власть над церковью были в достаточной степени традиционными, Никона необходимо было уговаривать.