Однако позднее прп. Макарий горячо каялся пред Богом: «Прости мне грех моего своеволия, по которому я оставил сие училище, не научившись, сию врачебницу, не исцелившись! Избави всех меня знающих от соблазна, в который может привесть худой пример мой…»[108] На должность ректора Костромской семинарии он был назначен по своей просьбе и, как позднее писал суровый наставник митрополит Филарет, «по своей воле, по нетерпеливости, по неудовольствию видеть свою личность меньше своего места»[109]. В ответ на просьбу устроить его к ректору, который ведет дело «по духу Христову», свт. Филарет предоставил возможность ему самому попытаться практически воплотить свою мечту и устроить школу «по духу Христову».

Молодой педагог с энтузиазмом взялся за новое дело. По словам хорошо знавшего его А. Стурзы, в должности ректора Костромской семинарии и преподавателя богословских предметов архимандрит Макарий «всемерно старался поселить дух Христов в Заведении, для сего устроенном. ему хотелось, чтобы духовный рассадник боговедения был вместе и рассадником богоподобия»[110].

Будучи ректором, прп. Макарий вел истинно подвижническую жизнь, еще более строгую, чем в Екатеринославле. В употреблении пищи он соблюдал строгое воздержание, нередко по целым дням ничего не ел, ложился всегда позднее всех и вставал раньше всех, каждую свободную минуту посвящал молитве. Пища его была самая неприхотливая, а одежда самая простая: он имел всегда одну ряску, которую к Пасхе заменял новою. Зимняя ряска у него была всегда одна – подарок преосвященного Иова. Большую часть жалованья теперь, как и всю последующую жизнь, он тратил на помощь нуждающимся и на книги, которые ему помогал приобретать его новый друг, бакалавр философии Ф. А. Голубинский.

29 мая 1821 г. о. Макарий возведен был в сан игумена, а 2 декабря 1821 г. указом Св. Синода назначен настоятелем Богоявленского монастыря.

Молодой ректор, не щадя самолюбия воспитанников, боролся с их порочными наклонностями. Но укоренившаяся распущенность не хотела смириться. Известен случай, переданный Стурзой, когда однажды о. Макарий проходил по семинарскому двору, а из окна жилых помещений в него был брошен камень, попавший в плечо. «Это обстоятельство сильно огорчило о. Макария, но он не стал искать виновных (это было в духе о. Макария: он охотно и смиренно прощал всем свои личные обиды), а, собрав всех воспитанников, сказал им кроткое слово увещевания, которое всех тронуло»[111].

Большая часть семинаристов ценила справедливость и требовательность нового ректора. Его лучший ученик Афанасий (в миру Андрей Соколов), впоследствии Казанский архиепископ, вспоминал о нем: «Вечное место в душе моей он имеет наипаче потому, что духовная жизнь его при учении удерживала меня, 19—20-летнего, на путях Господних. Истину говорю, полный благодарения Господу, даровавшему мне такого наставника в юности моей. Когда он послал меня на подвиг учительства в г. Макарьев, тогда я любил только молиться, читать его проповеди и богословские уроки и быть его эхом. Это было в 1824–1825 гг. Согретый его духовным светом и теплотою, я поступил в Санкт-Петербургскую академию в августе 1825 года…»[112]

И вновь у прп. Макария трудно складывались отношения с семинарской корпорацией. В письме своему другу, священнику Иоанну (Герболинскому), в ноябре 1822 г. он писал: «Труды по семинарии съедают меня, изнемогаю в силах телесных и душевных. Людей злонамеренных нет при мне; одни благодетели, другие приятели, не много знакомых, и один друг; чего бы еще лучшего? Но – Сотворил Ты нас, Господи, для Тебя, и беспокойно сердце наше, пока не успокоится в Тебе. Притом известен вам темперамент мой. Мрак души моей часто покрывает тенью печальною все меня окружающее»