СТО в январе 1921 г. принял постановление о реорганизации войск внутренней службы: все ведомственные войска объединялись под руководством военного ведомства. При этом войска, состоявшие в ведении ВЧК, объединялись в особый вид войск – «войска ВЧК». Войска ВЧК стали самостоятельной структурой, не входящей в военное ведомство; в их компетенции были охрана путей сообщения и коммуникаций, границ государства и складов. При этом их снабжение шло по линии Наркомата по военным делам, а численность определялась по соглашению с РВСР и утверждалась СТО. В январе 1921 г. личный состав войск ВЧК был исключен из списков Рабоче-крестьянской Красной Армии, командующим войск ВЧК стал бывший командующий ВНУС В. С. Корневё[96]. Таким образом, в ведение ВЧК перешла и железнодорожная милиция, входившая в то время в состав ВНУС.

6 февраля 1922 года Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет принял декрет «Об упразднении Всероссийской Чрезвычайной Комиссии и о правилах производства обысков, выемок и арестов»[97]. Этим декретом во исполнение постановления IX Всероссийского съезда Советов о реорганизации ВЧК по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности и ее местных органов, ВЦИК постановил упразднить ВЧК и ее местные органы. Функции упразденной ВЧК перешли к НКВД. На НКВД, наряду с другими задачами, дополнительно возлагалось выполнение по всей территории Советской России нижеследующих задач: а) подавление открытых контрреволюционных выступлений, в том числе бандитизма; б) принятие мер охраны и борьбы со шпионажем; в) охрана железнодорожных и водных путей сообщения; г) политическая охрана границ РСФСР; д) борьба с контрабандой и переходом границ республики без соответствующих разрешений; е) выполнение специальных поручений Президиума ВЦИК или СНК по охране революционного порядка. Для реализации этих задач при НКВД РСФСР учреждалось Государственное политическое управление (ГПУ) под личным председательством Народного комиссара внутренних дел или назначаемого СНК его заместителя, а на местах – Политические отделы в автономных республиках и областях при Центральных исполнительных комитетах: и в губерниях – при Губернских исполнительных комитетах. Поскольку на ГПУ были возложены задачи по охране железных и водных путей сообщения в его составе были созданы транспортные отделы на железнодорожных и водных путях сообщений. Впоследствии, вплоть до 1937 г., обеспечение как государственной, так и общественной безопасности, а также охрана общественного порядка на транспорте оставались в ведении органов государственной безопасности.

На февральско-мартовском (1937) Пленуме ЦК ВКП(б) 3 марта была принята резолюция, предписывающая: «реорганизовать 6-й отдел Главного управления государственной безопасности НКВД СССР (отдел транспорта и связи), выделив для обслуживания железнодорожного транспорта специальный отдел. Возложить на этот отдел борьбу со всеми видами контрреволюции на транспорте, в первую очередь, с вредительской, диверсионной и шпионской деятельностью врагов Советской власти. Освободить Транспортный отдел ГУГБ от функций охраны общественного порядка на железнодорожном транспорте, несения дежурств на вокзалах, борьбы с хищением социалистической собственности, хулиганством и детской беспризорностью». Указанные функции были переданы вновь создаваемой железнодорожной милиции, подчиненной Главному управлению милиции НКВД СССР[98].

Спустя 10 лет 19 июня 1947 г. приказом Министерства государственной безопасности (МГБ) СССР № 00322 было объявлено Постановление Совета Министров СССР № 2104-556сс от 17 июня 1947 г. об образовании в составе МГБ СССР Главного управления охраны на железнодорожном и водном транспорте. Вновь созданный Главк (ГУО) с системой местных органов, в отличие от существовавшего ранее Транспортного управления МГБ, был призван не только осуществлять функции по «оперативно-чекистскому» (контрразведывательному) обеспечению работы предприятий транспорта, но также выполнять задачи по охране общественной безопасности и правопорядка на железнодорожных и водных коммуникациях. В соответствии с новыми задачами транспортная милиция, подчиненная ранее Главному управлению милиции (ГУМ) МВД, еще 21 января 1947 г. была передана в ведение Транспортного управления МГБ. После 19 июня она перешла в подчинение нового Главка. На ее базе были образованы два оперативно-войсковых подразделения: корпус охраны МГБ на железнодорожном транспорте и дивизия охраны МГБ на водном транспорте. 14 марта 1953 г. после образования объединенного МВД СССР Главное управление охраны МГБ на транспорте было ликвидировано, а его функции разделены между 6-м (Транспортным) управлением МВД СССР, занимавшимся контрразведывательным обеспечением предприятий всех видов транспорта, и Управлением транспортной милиции ГУМ МВД СССР, призванным обеспечивать правопорядок на железнодорожных и водных магистралях