28 октября 1918 г. ВЦИК РСФСР утвердил новое Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях, в котором было юридически закреплено право комиссий формировать особые вооруженные отряды, численность которых устанавливалась местными исполкомами советов. Приказом по корпусу от 12 ноября 1918 г. вся вооруженная сила ВЧК была объединена в отдельные отряды по губерниям.

В циркуляре Иностранного отдела ВЧК о структуре прифронтовых органов ВЧК, подписанном Ф.Э. Дзержинским и В.В. Фоминым 19 ноября 1918 г., указывалось, что с этого времени существуют только такие комиссии, как ВЧК– центральный орган, губчрезкомы, уездчрезкомы, фронтчрезкомы, армчрезкомы. Все прифронтовые комиссии упраздняются, а подчинение осуществляется следующим образом: «уездчрезкомы– губчрезкомам, эти последние – Всечрезкому; армейские чрезкомы – фронтовым, фронтовые – Всечрезкому.^>15 Кроме того, уездчрезкомы, губчрезкомы подчинены исполкомам, а фронтовые и армейские ВЧК и военному ведомству»^>16.

В конце ноябре 1918 г. II Всероссийская конференция губернских ЧК приняла решение о создании транспортного отдела для работы на железнодорожных, водных и шоссейных путях.^>17. Решение о разработке Положения о ТО ВЧК было принято 3 декабря 1918 г. комиссией Совета Обороны, которая, обсудив вопрос о работе ВЧК, решила: «Поручить Комиссариату путей сообщения совместно с представителем Всероссийской чрезвычайной комиссии переработать положение о Транспортном отделе Всероссийской чрезвычайной комиссии с точки зрения невмешательства в технически-распорядительные функции Комиссариата путей сообщения. Издать это положение как инструкцию за подписью т. Дзержинского. Если соглашение достигнуто не будет, обратиться снова в настоящую комиссию»^>18.

15 ноября 1918 г., в связи с принятием постановления ВЦИК об аннулировании Брестского договора, Дзержинский и заведующий Иногородним отделом В.В. Фомин отдали распоряжение Петроградской, Великолукской. Новгородской. Псковской, Смоленской, Могилевской, Брянской, Орловской, Курской ЧК о перестройки работы ЧК: до принятия общегосударственных решений пограничную полосу охранять по-старому, пограничные чека не распускать; в местностях, где существует опасность, немедленно создавать ЧК, а где нет возможности – нелегальные ЧК, в виде заграничной разведки; там, где имеются у неприятеля силы, боев нигде не открывать, предоставляя это Военному ведомству; «всеобщее стремление должно быть направлено к тому, чтобы все оккупированные территории покрыть сетью чрезвычкомов». В распоряжении было особо подчеркнуто, что оно относится и к Украине, Белоруссии, Литве и другим районам^>19.

23 ноября 1918 г. было объявлено о том, что «на днях начнет функционировать Московская чрезвычайная комиссия, организация которой совершенно закончена. Состав комиссии следующий: председатель – т. Дзержинский, члены: тт. Юровский, Бреслав, Мессинг и Манцев»^>20.

В конце 1918 г., в соответствии с решением II Всероссийской конференции губернских ЧК, намечалась реорганизация аппарата ВЧК: вместо отделов по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности планировалось создать Юридический и Секретно-оперативный отделы. 5 декабря 1918 г. Дзержинский писал Фомину: «…С организаций Юридич. и Секретного отделов нам придется несколько задержаться. Необходимо передать все дела и арестованных МЧК, а затем взяться за организацию ВЧК. В воскресенье или понедельник созовем комиссию, зафиксируем список членов Коллегии ВЧК и распределим работу и работников»^>21.

21 декабря 1918 г. решением Дзержинского была распущена Всеукраинская ЧК и все местные ЧК подчинены и обязаны были руководствуются инструкциями и указаниями ВЧК, которая направила в Киев одного из членов Коллегии «для информации Совнаркома Украины и контроля за выполнением местными ЧК распоряжений Всероссийской Чрезвычайной комиссии»