В условиях разгоравшейся Гражданской войны шел поиск наиболее приемлемых структур для решения повседневных задач. 5 марта 1918 г. Дзержинский сделал черновые наброски на проекте организации при ВЧК Оперативного штаба по охране Петрограда в составе представителей Комитета охраны Петрограда, социалистических партийных отрядов при ЦИК, боевых дружин большевиков и левых эсеров. Штаб должен был объединить борьбу с контрреволюцией, саботажем, спекуляцией и хулиганством работать под руководством ВЧК. – «Все донесения направляются в ВЧК, которая разрабатывает и дает задания штабу для немедленного выполнения. В задачи штаба входит вооружение и обучение всех боевых сил, объединяющихся около ВЧК, налаживание службы связи, дела обмундирования, продовольствия, помещения. Ближайшие задачи – разведка, наведение порядка в районах, внешние и внутренние дозоры. Текущие дела: помещение для людей комитета охраны. По линии уголовного розыска затребовать адреса бандитов. Меры борьбы: облавы, штрафы, расстрелы»^>8.

7 марта 1918 г. Коллегия ВЧК приняла решение об объединении всех отрядов ВЧК и установления для них единых принципов организации и использования, а 18 марта 1918 г. подтвердила решение о слиянии всех отрядов в столице в единый Боевой отряд ВЧК и обратилась с письмом к местным советам, предложив им наряду с организацией ЧК сформировать при них вооруженные отряды из добровольцев. Боевой отряд ВЧК к концу апреля состояли из 5 пехотных рот по 125 человек, 50 кавалеристов, 60 пулеметчиков, 40 артиллеристов, 80 самокатчиков и 3 экипажей бронеавтомобилей. 20 марта 1918 г. на заседании ВЧК Дзержинский поддержал предложение Шахова «сохранить целостность отряда самокатчиков, как однородной боевой единицы, находящейся в распоряжении комиссии». Каждая губернская ЧК имела небольшие вооруженные отряды. 8 апреля 1918 г. Дзержинский обратился к командующему Московским военным округом с просьбой передать отряд «в полное наше распоряжение, дабы не пользовались силами его для других целей^>9.

До середины марта 1918 г. деятельность ВЧК ограничивалась районами Петрограда и Москвы. 18 марта 1918 г. ВЧК рассмотрела «Организационный вопрос» и решила преобразовать организационный отдел в Иногородний и при нем бюро по борьбе с контрреволюционной печатью; была принята резолюция В.В. Фомина с поправкой Дзержинского, в которой было предложено всем местным советам организовать однотипные с одинаковым названием комиссии, которые должны борются с контрреволюцией, спекуляцией, [антисоветской] печатью, злоупотреблением по должности; все аресты, обыски, реквизиции, конфискации и проч. «принадлежат исключительно этим комиссиям, как в Москве, так и на местах»; кроме того, в каждом отделе создать разведку, общую для всей комиссии.

22 марта 1918 г. газета «Известия ВЦИК» опубликовала подписанное Дзержинским постановление ВЧК о создании местных чрезвычайных комиссий^>10.

К августу 1918 г. уже существовало 38 губернских и 75 уездных ЧК^>11.

Весной 1918 г. возникли первые конфликтные дела в работе ВЧК и ее территориальных органов. Так, в апреле 1918 г. ВЧК была обвинена в содержании задержанных без допроса и вела «маловажные и негромкие дела». В Петроград выезжала специальная комиссия для расследования всех обстоятельств дела. 23 апреля 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан доклад Дзержинского о результатах деятельности Ликвидационной комиссии. Он рассказал, что обвинения, возводимые на ВЧК касаются не столько ВЧК, сколько Петроградской ЧК во главе с М.С. Урицким. Ликвидационная комиссия выяснила факт освобождения губЧК «преимущественно лиц состоятельных, в то время как бедняки сидели под арестом, и лишь с приездом Ликвидационной комиссии освобождено было около 30 чел. из них». Другое обвинение в адрес ВЧК «объяснялось исключительно различием в тактике и способах борьбы с преступностью». «Единственным более или менее основательным укором ВЧК, – отметил Дзержинский, – может быть признано некоторое несовершенство в техническом смысле построения обвинений и в самом учете обвиняемых, объясняемое недостатком юридических познаний работников комиссии». ВЧК предложила продолжить работу Ликвидационной комиссии и «принять срочные меры к закреплению за ВЧК лиц, сумм и вещественных доказательств, перевезенных из Петрограда в Москву