21 июля 1919 г. Дзержинский утвердил структуру войск внутренней охраны и штаты. Были сформированы бригады, полки, батальоны, эскадроны, батареи и команды различного назначения. Численность войск установлена в 120 тысяч человек. Вся территория страны разделена на 11 секторов по числу имевшихся в то время военных округов. Территория сектора, как правило, совпадала с территорией военного округа. В сектор входило несколько бригад по числу обслуживаемых ими губерний. Количество батальонов зависело от характера выполняемых задач. Войска каждого сектора возглавлял штаб.

К августу 1919 г. в войсках было 35 отдельных бригад, объединявших 1 полк, 151 батальон, 8 эскадронов, 6 батарей, 20 рот. На 1 января 1920 г. численность войск ВОХР составила 105 тысяч человек. К 25 сентября 1919 г. – 120, к 1 мая 1920 г. – 140 тыс. человек.

Порядок службы, строевая подготовка, комплектование и снабжение войск были установлены по норам и положениям военного ведомства.

На заседании Совета Рабоче-Крестьянской Обороны 15 августа 1919 г., проходившем под председательством В.И. Ленина, по докладу Ф.Э. Дзержинского и К.М. Валобуева было принято решение о формировании Реввоенсоветом 7 полков из вспомогательных войск особого назначения, а в укрепленных районах Курска, Воронежа, Тамбова, Камышина, Тулы и Пензы предоставить в распоряжение Советов этих районов 50% войск особого назначения, в том числе и ВЧК^>24.

Войска ВОХР не только вели борьбу с внутренней контрреволюцией, но и были резервом Красной Армии, активно участвовали в разгроме белогвардейцев на всех фронтах. Только во 2-м полугодии 1919 г. в Действующую армию было отправлено 95 батальонов (52 700 штыков) или 52% личного состава. Войска ВОХР участвовали в боях с конницей К.К.Мамонтова и войсками Н.Н. Юденича.

В связи освобождением территории от белых армий, были приняты меры по развертыванию дополнительных структур в ВЧК. Так, 18 декабря 1919 г. Ф.Э. Дзержинский, начальник войск К.М. Валобуев, начальник штаба В. Афанасьев и начальник оперативного управления Краснов отдали приказ об организации Западно-Сибирского сектора в районе вновь занятой территории Западной Сибири, которому именоваться – Западный Сибирский сектор войск ВОХР для охраны тыла Восточного фронта, борьбы с контрреволюционными, дезертирскими мятежами, движениями и волнениями на вновь занятой территории, охраны железных дорог и водных путей сообщения, предоставление вооруженной силы в распоряжение представителей Наркомпрода для проведения в жизнь заданий Наркомпрода «по выкачке продовольствия, обеспечение спокойствия для правильного и безболезненного строительства Советской власти в занятых местностях»^>25. 31 декабря 1919 г. Дзержинский предложил образовать при Особом отдела ВЧК специальный подотдел по борьбе с контрреволюцией на Востоке и поставить во главе его Вадима Лукашева. Политбюро ЦК РКП(б) постановило не создавать «особого подотдела и вообще руководимого из Москвы специального аппарата борьбы с контрреволюционным движением среди мусульман, ограничиться сосредоточением в Особом отделе всех сведений, собираемых ЧК в населенных мусульманами губерниях, и дачей этим губчека общих руководящих указаний»^>26.

15 марта 1920 г. Дзержинский и начальник войск Валобуев подписали инструкцию частям ВОХР, находившимся в распоряжении губЧК. В ней указывалось, что эти батальоны подчиняются ЧК. Командиры батальонов в отношении военно-строевого обучения, поверки несения караульной службы, хозяйственной и политической работы, во всех остальных отношениях непосредственно подчиняются председателю ЧК или лицу, уполномоченному на это коллегией ЧК