28 апреля 1918 г. на экстренном заседании ВЧК под председательством Дзержинского был заслушан отчет о деятельности отдела по борьбе с контрреволюцией. И.Н. Полукаров сообщил, что работа отдела идет по двум направлениям: борьба с внутренними и внешними (союзническими и германскими) империалистами, контрреволюционные силы концентрируются около В. Мирбаха, с мест поступают сведения, что при участии разложившихся военных отрядов, а также отрядов охраны железных дорог происходят пьяные бунты и погромы. Но «для наблюдения и разведки за контрреволюцией, надвигающейся извне, нет соответствующего аппарата. Даже для разведки над внутренней контрреволюцией имеющаяся разведка далеко не совершенна в смысле персонального характера состава. Необходимо произвести коренную ломку всей организации разведки по специальностям. Необходимо улучшение следственного аппарата; необходимо лицо одно, определенное, объединяющее и направляющее деятельность следствия» Предложение Полукарова были реализованы несколько позднее^>13.

Обстановка на фронте требовала от председателя ВЧК принятия срочных решений. 11 мая 1919 г. он поручил М.С. Кедрову обратить особое внимание на состояние армии на Литовско-Белорусском фронте и организовать особые отделы в штабе в Смоленске, в Западной и Литовской дивизиях. – «Там полная расхлябанность и признаки измены»^>14.

На основе решения 1-ой Всероссийской конференции губернских ЧК 13 июня 1918 г. Коллегия ВЧК приняла постановление об объединении всех отрядов ЧК в центре и на местах в Особый корпус войск ВЧК.

Корпус должен был состоять из дисциплинированных и хорошо подготовленных в военном отношении людей, комплектоваться из пролетарских элементов по рекомендации профсоюзов, партийных и фабрично-заводских коллективов. Каждый вступавший в корпус принимал торжественное обязательство (присягу). Это решение было одобрено ЦК РКП(б) и ВЦИК РСФСР. Руководство корпусом возлагалось на Ф.Э. Дзержинского и военный штаб, подчиненный Президиуму ВЧК, который должен осуществлять оперативные, снабженческие, строевые, инструкторские и инспекторские функции. Управление корпусом на всей территории РСФСР осуществлялось штабом через губернские ЧК, ни одна часть корпуса не могла быть использована для решения какой-либо задачи без их решения и ведома командира батальона. В состав корпуса вошли губернские батальоны численностью по 750 человек, которые состояли из 3 рот пехоты, конной и пулеметной команд, взвода артиллерии, команды связи и броневого отделения. На местах командиры батальонов и отрядов войск ВЧК находились в распоряжении председателей губернских ЧК.

По Положению от 15 июля 1918 г. части корпуса пополнялись добровольцами – рабочими и крестьянами в возрасте от 19 до 36 лет по рекомендации партийных и фабрично-заводских комитетов, комитетов бедноты или 2-х членов РКП (б). Они давали подписки с обязательством прослужить не менее 6 месяцев «непоколебимо и твердо защищать Советскую власть, соблюдать революционную и военную дисциплину».

Декретом СНК от 19 августа 1918 г. комплектование, снабжение и обучение всех войск вспомогательного назначения было возложено на Наркомвоен, который получил право боевого использования всех частей, находившихся в районе военных действий, независимо от их ведомственной принадлежности. Корпус ВЧК уже состоял из 33 отдельных батальонов, объединенных в 6 округов. Право ВЧК иметь вооруженную силу было закреплено Положением о Всероссийской и местных ЧК, утвержденным ВЦИК 28 октября 1918 г. При этом войска ВЧК ставились под контроль РВСР и являлись, как и другие войска вспомогательного назначения, резервом Красной Армии. Решением Коллегии ВЧК численность войск была установлена в 30 тыс. человек, из которых 1/3 должна была находиться на фронте. Первый боевой опыт чекисты получили в Москве в апреле 1918 г. во время операции по разоружению анархистов. К концу 1918 г. в корпусе было уже 21 466 человек. При осложнении обстановки на фронтах они вместе с частями Красной Армии участвовали в боях против белогвардейцев и интервентов. До 1919 г. свыше 40 тыс. бойцов было направлено на фронт. Войска ВЧК сражались в боях в составе 3-й и 14-й армий, в обороне Уральска и др., а также использовались для подавления антисоветских выступлений и бандитизма, ликвидации контрреволюционных организаций, охраны правительственных учреждений и др. в целях повышения эффективности взаимодействия ВЧК и губЧК.