По истечении года после принятого 1 ноября 1991 года решения о введении 13-месячного моратория на выборы глав администраций Седьмой Съезд народных депутатов РФ 10 декабря 1992 года принял новое постановление, в котором объявил «нецелесообразным проведение повсеместных выборов глав администраций на период до выборов народных депутатов Советов народных депутатов нового созыва». В то же время Съезд разрешил соответствующим Советам народных депутатов принимать решение о назначении выборов в случаях принятия Советом решения о недоверии главе администрации, досрочного прекращения полномочий главы администрации, а также если глава был назначен без согласования с Советом.

Этим разрешением воспользовались в семи областях и одном крае. Кроме того, еще две республики провели президентские выборы. Таким образом, в первой половине 1993 года, после окончания действия моратория, выборы глав прошли в десяти регионах. Выборы в Челябинской области проводились вопреки позиции президента РФ, их итоги не были признаны президентом и избранному главой администрации председателю Челябинского областного Совета П. И. Сумину не удалось вступить в должность. Избранные в апреле главы администраций Амурской и Брянской областей были после октябрьских событий 1993 года отстранены от должностей президентом РФ.

Во второй половине 1993-го – 1995 годах прямые выборы глав регионов проводились в исключительных случаях. 3 октября 1994 года президент РФ подписал указ «О мерах по укреплению единой системы исполнительной власти в Российской Федерации», который, в частности, предусматривал, что «вопрос о назначении выборов главы администрации края, области, города федерального значения, автономной области, автономного округа, пока иной порядок не будет установлен федеральным законодательством, решается Президентом РФ».

Правовой основой взаимодействия главы администрации и Совета стал закон «О краевом, областном Совете и краевой, областной администрации», принятый Верховным Советом РФ 5 марта 1992 года. Закон зафиксировал двойную подотчетность главы региона (перед Советом и Президентом России) и двойную подотчетность исполнительного органа (перед Советом и главой региона). При этом с Советом согласовывалось назначения четырех ключевых членов кабинета – первого заместителя главы администрации, руководителей финансового, имущественного и социального ведомств (что не мешало тому, чтобы в регионе этот список мог быть шире). Совет получил право обжаловать акты главы региона и приостанавливать их действия до решения суда, а также выражать недоверие главе региона с требованием к Президенту либо в Конституционный суд о его отставке. Глава администрации, в свою очередь, наделялся правом вето на решение Совета, которое преодолевалось простым большинством голосов депутатов. Напомним, что тогда прямая выборность глав администраций практически отсутствовала.

К 1993 году в большинстве регионов России сложились системы институтов, в основном характеризовавшиеся относительным равновесием полномочий глав регионов и региональных парламентов в условиях схемы разделения властей, близкой к президентско-парламентской.

В борьбе за поддержку регионов в начале 1990-х союзный и российский федеральный центр сделали им ряд важных уступок, усиливающих их влияние на деятельность в том числе силовых структур. Особенно важными эти нормы были в республиках в составе РФ, власти которых постоянно пытались расширить свои возможности влияния на назначения силовиков.

Согласно закону «О милиции» от 18 апреля 1991 года № 1026-I, главы регионов получили право согласования назначения глав УВД с федеральным центром. Согласно статье 7 данного закона в его первоначальной редакции, начальники управлений (главных управлений) внутренних дел исполкомов Советов народных депутатов краев, областей, автономных областей и округов, городов Москвы и Ленинграда, назначались министром внутренних дел РСФСР по согласованию с исполкомами соответствующих Советов народных депутатов (вскоре исполкомы заменили администрации) с последующим утверждением на сессии этих Советов. В районах, городах, районах городов начальники управлений также назначались по согласованию с исполнительными комитетами соответствующих Советов с последующим утверждением на сессии этих Советов.