Республики в составе России (бывшие автономии) указ не затрагивал, хотя в двух регионах, преобразованной из автономной области Карачаево-Черкесской Республике и вновь созданной Республике Ингушетии, первые главы администраций были назначены указами Президента РФ (в Ингушетии – временный глава на несколько месяцев).

Этим же указом одновременно «в целях обеспечения взаимодействия высших органов исполнительной власти РСФСР и республик в составе РСФСР» учреждались представительства республик при Президенте РСФСР в представительства Президента РСФСР в этих республиках. «В целях координации» деятельности органов исполнительной власти РСФСР, краев, областей, автономной области, автономных округов, городов Москвы и Ленинграда назначались представители Президента РСФСР на местах, входящие в состав Контрольного управления администрации Президента РСФСР.

После издания данных указов в августе 1991-го – феврале 1992 годов (когда был впервые назначен губернатор в последний регион – Саратовскую область) президент РФ сместил руководителей исполкомов областей и краев, назначив своими указами глав администраций областей, краев, автономной области и автономных округов.

Почти одновременно в течение лета 1991 года в Верховном Совете РСФСР был разработан проект Закона РСФСР «О выборах главы администрации» № 1803-I, принятый первоначально 4 октября 1991 года. В постановлении о порядке введения данного закона в действие предлагалось провести выборы глав администраций 8 декабря 1991 года. Однако данное постановление вызвало резко негативную реакцию президента РСФСР. Он направил в Верховный Совет обращение, в котором просил перенести сроки выборов на 1992 год в связи с тем, что, по его мнению, проведение выборов в тот момент могло стать серьезным препятствием на пути выхода страны из кризиса[20]. Кроме того, президент высказал некоторые замечания и по тексту принятого закона.

Верховный Совет 18 октября отказался принять решение о переносе выборов, после чего президент был вынужден наложить вето на принятый закон. 24 октября 1991 Верховный Совет вновь рассмотрел закон и, согласившись с замечанием президента, исключил из закона норму, ограничивающую участие военнослужащих в выборах глав администраций. После этого закон был принят во второй раз. Республики в составе РСФСР, как уже отмечалось, имели в то время особые права. В частности, они самостоятельно принимали свое избирательное законодательство и закон РСФСР «О выборах главы администрации» имел для них не обязательный, а рекомендательный характер.

Однако, в связи с мораторием на проведение выборов (вначале до 1 декабря 1992 года, затем «на период до выборов народных депутатов Советов народных депутатов нового созыва»), он применялся крайне редко. Выборы проводились лишь в случаях принятия региональным Советом решения о недоверии главе администрации, досрочного прекращения полномочий главы администрации, а также если глава был назначен без согласования с Советом. Согласно данному закону, избранным в первом туре должен был считаться кандидат, получивший в ходе выборов наибольшее число голосов, но не менее 25 % от числа граждан, внесенных в списки избирателей (именно по этой причине, например, в 1993 году понадобился второй тур выборов губернатора Красноярского края, где 51 % за В. М. Зубова в первом туре были менее 25 % от списка). Если ни один не получал достаточного числа голосов, по двум наиболее успешным кандидатам должно было проводиться повторное голосование, где необходимо было получить относительное большинство, а явка не имела значения. В большинстве республик сохранялось традиционное правило – необходимость получения кандидатом более половины голосов избирателей, принявших участие в выборах.