Что касается органов прокуратуры, то вопрос о назначении прокуроров союзных республик по согласованию с ЦИК этих республик поднимался еще при подготовке Конституции СССР 1936 года, но был разрешен введением строго централизованного построения прокуратуры[22]. В 1990 году к этому вопросу вернулись, предоставив в ст. 166 Конституции СССР право на назначение прокуроров союзных республик высшим органам государственной власти этих республик по согласованию с Генеральным прокурором СССР[23]. После распада СССР впервые согласование назначения прокуроров субъектов РФ упоминалось в Законе РФ о прокуратуре 1992 года, где говорилось, что прокуроры республик в составе РФ назначаются Генеральным прокурором РФ по согласованию с данными республиками. В 1995 году в названный закон были внесены изменения, в соответствии с которыми Генеральный прокурор РФ согласовывал назначение прокуроров уже всех субъектов РФ. Однако в федеральном законодательстве не указывалось, с какими органами власти субъектов РФ решать вопрос о назначении прокурора субъекта РФ. В ст. 13 Федерального закона о прокуратуре закреплено, что назначение согласовывается с органами государственной власти субъектов РФ, определяемыми субъектами РФ. Из анализа норм конституций и уставов субъектов РФ следовало, что примерно в трети из них согласование производится с законодательной ветвью власти (Конституции Башкортостана, Республики Алтай, Бурятии, Северной Осетии – Алании, Карелии, Хакасии, Мордовии, Коми, Республики Саха (Якутии), Уставы Приморского края, Амурской, Воронежской, Иркутской, Калининградской, Липецкой, Новосибирской, Орловской, Пензенской, Саратовской, Сахалинской, Тамбовской, Тюменской, Челябинской, Ярославской областей, Санкт-Петербурга, Ненецкого автономного округа). В ряде субъектов РФ согласование производилось с законодательными (представительными) и исполнительными органами власти (Конституции Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии, Татарстана, Адыгеи, Марий Эл, Удмуртии, Чечни, Чувашии, Уставы Алтайского, Ставропольского, Хабаровского краев, Архангельской, Волгоградской, Ивановской, Кировской, Костромской, Московской, Мурманской, Нижегородской, Новгородской, Омской, Оренбургской, Псковской, Ростовской, Рязанской, Самарской, Свердловской, Смоленской областей, Москвы, Ханты-Мансийского автономного округа – Югры, Чукотского и Ямало-Ненецкого автономных округов[24]). По Конституциям Ингушетии, Калмыкии, Тывы, Уставам Курской области и Еврейской автономной области данный вопрос разрешался к этому времени главой исполнительной ветви власти: главой республики, президентом, губернатором или правительством субъекта РФ. Орган согласования не был определен или данный вопрос вообще не разрешен в конституциях и уставах Дагестана, Краснодарского края, Белгородской, Брянской, Вологодской, Калужской, Кемеровской, Курганской, Ленинградской, Магаданской, Ульяновской областей. В уставах Владимирской области и Москвы было определено, что порядок согласования регламентируется соответствующим законом этого субъекта РФ.

В начале 1990-х ряд субъектов Федерации сделали попытку вообще отказаться от какого-либо согласования при назначении прокурора, указав, что он назначается высшими органами государственной власти данного субъекта РФ (Татарстан, Башкортостан, Тыва). Более того, в Башкортостане в 1993 году был принят Закон о прокуратуре Республики Башкортостан, который придал прокуратуре республики особый статус, формально выводящий ее из правового поля системы единой российской прокуратуры[25]. Представители Ингушетии безрезультатно вносили предложение о том, чтобы прокурор субъекта РФ не только назначался на должность, но и освобождался от должности по согласованию с субъектом РФ. Нередко на региональном уровне происходили конфликты между различными ветвями власти, претендующими на участие в согласовании назначения на должность прокурора субъекта РФ. Несмотря на то, что законодательный орган власти Чувашской Республики закрепил за собой это право, президент Чувашии своим распоряжением от 19 января 1997 года отстранил прокурора региона от исполнения обязанностей, сославшись на ст. 109-7 Конституции Чувашской Республики, дающую ему право на отстранение должностных лиц органов исполнительной власти от занимаемой должности. Данное распоряжение было издано без учета того, что органы прокуратуры в систему исполнительной власти не входят. В последующем Верховный Совет Чувашии по заявлению первого заместителя прокурора региона признал данное распоряжение президента региона недействительным. Аналогичные факты имели место в Республике Ингушетии и ряде других субъектов РФ, где высшие должностные лица субъектов требовали освободить от занимаемой должности «неугодных» им прокуроров субъектов РФ