Для решения вопросов о сроках проведения выборов была создана согласительная комиссия. 25 октября 1991 было принято новое постановление о порядке введения закона в действие; оно предполагало проведение выборов по графику, который президент должен был представить не позднее 1 декабря 1991 года.

Однако уже 1 ноября Пятый Съезд народных депутатов РСФСР принял постановление «Об организации исполнительной власти в период радикальной экономической реформы», в котором установил до 1 декабря 1992 года запрет на проведение выборов всех уровней (кроме выборов народных депутатов вместо выбывших и уже назначенных выборов президентов и Верховных Советов республик в составе РСФСР)[21]. Таким образом, изначально предполагалось, что назначение губернаторов – это временная мера до проведения прямых выборов, однако во многих регионах первые губернаторские выборы прошли лишь спустя пять лет, в течение которых ими руководили президентские назначенцы.

Согласно упомянутому выше постановлению от 1 ноября 1991 года «Об организации исполнительной власти в период радикальной экономической реформы» Съезд народных депутатов РФ обязал Президента назначать глав администраций «по согласованию с соответствующим Советом народных депутатов и с учетом мнения народных депутатов РСФСР от соответствующей территории».

После данного постановления был принят указ Президента РФ от 25 ноября 1991 года «О порядке назначения глав администраций». В нем было зафиксировано, что представление Президента о кандидатуре на должность главы администрации может рассматриваться Советом не более 10 дней и кандидатура считается согласованной, если за нее проголосовали более половины депутатов, присутствующих на соответствующем заседании (а не от общей численности). В случае несогласования кандидатуры в установленный срок или ее отклонения Президент был вправе внести кандидатуру «на новое согласование» (оговорок про то, что это должна была быть обязательно новая кандидатура, не было) или назначить исполняющего обязанности главы администрации на один год. Внести Президенту предложения об освобождении главы администраций от должности были указами уполномочены Председатель Совета министров РСФСР, Руководитель администрации Президента и Главный государственный инспектор – Начальник Контрольного управления администрации Президента.

Этот порядок фактически был подтвержден в новом Законе РФ от 1 апреля 1993 года № 4733-I (с изм. от 28 августа 1995 года) «О Порядке назначения на должность и освобождения от должности глав краевой, областной, автономной области, автономного округа, города федерального значения, районной, городской, районной в городе, поселковой, сельской администрации». По этому закону, назначение на должность главы администрации производилось при условии принятия соответствующим Советом народных депутатов решения, предлагающего вышестоящей администрации его произвести. Президент вносил на согласование Совета одну или несколько кандидатур, которые Совет рассматривал в месячный срок. Кандидатура считалась согласованной, если за нее проголосовало более половины от числа народных депутатов, присутствующих на сессии. В случае отклонения кандидатур Совет был вправе обратиться к Президенту РФ с предложением внести иные кандидатуры либо принять решение о проведении выборов главы администрации в соответствии с законом РСФСР «О выборах главы администрации». Нерассмотрение кандидатур в установленный срок было основанием для Президента РФ назначить главу администрации самостоятельно. Совет народных депутатов был вправе направлять Президенту РФ представления на возможных кандидатов на должность главы администрации, предварительно рассмотренные на сессии Совета. При принятии соответствующим Советом решения о выражении недоверия главе администрации, соответственно, Президент РФ в двухнедельный срок с момента получения такого решения освобождает главу администрации от должности. Решение Совета народных депутатов о выражении недоверия главе администрации считается принятым, если за него проголосовало не менее двух третей от числа народных депутатов, избранных в Совет народных депутатов. Несоблюдение двухнедельного срока рассмотрения решения Совета о выражении недоверия влечет прекращение полномочий главы администрации непосредственно по истечении указанного срока. Президент РФ также вправе досрочно прекратить полномочия назначенного главы администрации. В случае если назначение на должность главы администрации произведено без согласования с соответствующим Советом народных депутатов в период до вступления в силу данного закона, Совет народных депутатов был вправе в течение месяца с момента вступления закона в силу предложить Президенту РФ произвести назначение на должность главы администрации в соответствии с установленным порядком.