Но ведь и Вирджил тоже был жертвой экспериментов с У-ДО!

Из первого эпизода мы знаем, что Шион застала серию Атра как раз в момент трапезы – и логично предположить, что она не стала задерживаться в церкви до её окончания. То есть она просто не видела, как Вирджил, подчинившись песне, ел Фебронию вместе (после?) серии Атра. Он мог уничтожить этих реалиенов, когда те попытались ассимилироваться с ним (как они это делали друг с другом, в палате Аой) или уничтожить их просто так и приступить к трапезе на правах победителя… не суть важно. Важно то, что помешательство оказалось кратковременным – скорее всего, вкусив от Фебронии, чьё предназначение было служить посредником между человеком и У-ДО, Вирджил протрезвел. И попытался исправить содеянное, что привело к известным последствиям.