Но непродолжительно было существование этого нового устройства, придуманного псковским духовенством; той же осенью, в ноябре, один из выбранных правителей, поп Андрей Коза, возбудил против себя неудовольствие и бежал к владыке в Новгород, а зимою, 22 января, владыка новгородский Иона уже приехал в Псков. Посадники, духовенство и народ встретили владыку у Старого Вознесения, обыкновенным порядком, со крестами. Прожив неделю, владыка соборовал у Св. Троицы, причем торжественно читали синодик, пели благоверным князьям, лежащим в Дому Св. Троицы, вечную память, а всем православным христианам великие много лет, а злых предали проклятию. Исправивши это все по порядку, владыка пригласил к себе на Пустынский двор (где обыкновенно останавливались Новгородские владыки, приезжая во Псков) посадников и всех священников, начал расспрашивать о составленной духовенством уставной грамоте и говорит: «Кто осмелился ее составить и утвердить не спросясь меня, я сам хочу здесь судить и разбирать все духовные у дела, а вы выньте ту грамоту и раздерите». На это требование владыки духовенство, посадники и вече отвечали ему: «Мы, господине, сделали это не отступая от миродокончальной грамоты, на которой крест целовали; а сам ты ведаешь, что тебе здесь не само много быти, а того дела тебе вскоре нельзя управить, занеже при сем последнем времени о церквах Божиих смущенно сильно в церковных вещах и священниках, немощно нам тебе всего и сказать, тии сами ведают, тако творяще все бесстужство; ино о том та грамота от всего священства из Номоканона выписана и в ларь положена по вашему же слову, как еси сам, господине, преже сего был в дому св. Троицы, и прежние твоя братья, а велите и благословляете всех пяти соборов с своим наместником, а с нашим псковитяном, всякия священническия вещи по Номоканону правити». На таковой ответ владыка смиренно и кротко сказал: «Мне об этом должно доложить митрополиту Московскому и всея Руси Филиппу, и я вас уведомлю о том, как он повелит управит это; ибо я и сам, сынове, от вас слышу, что это дело великое и христианству очень развратно, а церквам Божиим мятежно, а иноверные радуются, видя христиан живущих в такой слабости, и укоряют наше небрежение». Покончивши таким образом переговоры о новой уставной грамоте, владыка благословил всех псковичей, собрал со священников свой подъезд, и 5 февраля оставил Псков, и его с почетом проводили до рубежа. Но тем дело не кончилось. Осенью следующего года, по челобитью владыки новгородского, приехал во Псков с великокняжеским послом и посол от митрополита. Посол этот передал всему Пскову благословение от митрополита, подал вечу митрополичью грамоту, в которой написано так: «Чтобы есте тое управление, сынове, священническое, как священники, так и весь Псков, положили на своего богомольца архиепископа, занеже тое дело изкони передано святителю управляти». Затем присланный вместе с посольством владычен человек Автомон от имени архиепископа новгородского сказал: «Вас все священство и весь Псков, своих сыновей, благословляю; и коли тыя святительския вещи положите на мне, то и сами увидите, какову о том наипаче затея крепости духовную крепость о всяком церковном управлении и о священниках поддержу». Посол великого князя от его имени также подал совет не противиться требованию митрополита и владыки новгородского. Псковское вече и духовенство, не решаясь противоречить великому князю и митрополиту, положили передать все церковное управление владыке новгородскому Ионе, на основании правил Номоканона, но еще два месяца не вынимали уставной грамоты из ларя; наконец 5 января вынули означенную грамоту и подрали, а 7 января отправили к владыке новгородскому посольство просить его распоряжений о церковных делах. Так кончилось придуманное псковским духовенством и утвержденное вечем новое церковное устройство, имевшее силу действующего закона только один год и два месяца с половиной, как прямо сказано о церковной уставной грамоте в летописи: «А лежала в лари тая грамота положена год да полтретья месяца».