Но очевидно, устройство соборов еще далеко не удовлетворяло настоятельным нуждам псковской церкви; и псковичи всем Псковом на вече порешили искать себе давно желаемого отдельного епископа для псковской земли и в 1464 году отправили посольство в Москву – просить великого князя Ивана Васильевича, чтобы «пожаловал свою отчину Псков, велел бы своему отцу-богомольцу, митрополиту Феодосию, поставить владыку во Псков а нашего псковитина». Великий князь на это отвечал: «То есть дело великое, хотим о том с своим отцом митрополитом гораздо мыслити; и отец наш пошлет по наши богомольцы, а по свои дети, архиепископы и епископы, и будет ли подобно (прилично) тому быти; а ваши честные послы у нас будут; и мы вам откажем (дадим ответ), как будет пригоже». И действительно, в том же году великий князь, посоветовавшись с митрополитом Феодосием, отказал (дал ответ) с новым псковским посольством, что «немочно быти во Пскове владыке, зане искони не бывал, а не столь (кафедра) во Пскове». Таким образом, эта новая и последняя для независимого Пскова попытка – добыть себе отдельного епископа законным порядком – не удалась. Псковичи, недовольные отказом, но не осмеливавшиеся идти открыто против великого князя, перенесли свое неудовольствие на владыку новгородского. Они в 1465 году отняли у него села и земли, уступленные вечем владычней кафедре в древнее время; но и в этом они должны были уступить настоятельным требованиям великого князя и митрополита, и в следующем 1466 году целовали пред новгородским посольством крест, что возвращают владыке отнятые земли и села, и будут жить в мире и братстве с новгородцами по старине, и соглашаются, чтобы владыка ездил во Псков, по старине, по свою пошлину. И в том же году новгородский владыка архиепископ Иона приезжал во Псков на свой подъезд, был встречен, по обычаю, всем священством и множеством народа, соборовал в церкви Св. Троицы, читал синодик и пел благоверным князьям и всем православным христианам великие много лет и злых проклял. Псковичи беспрекословно дозволили ему собрать с псковского духовенства свой обычный подъезд и с честью проводили его до своего рубежа.

Таким образом, все пошло по-старому – владыки новгородские по-прежнему начали получать свой подъезд и суд и держать во Пскове своего наместника из псковичей, а псковская церковь все более и более подчинялась вечу. Духовенство же по-прежнему все падало ниже и окончательно подчинилось псковскому обществу; беспорядки в церковной службе и в жизни духовных увеличивались более и более. Прихожане и церковные старосты, выборные от прихода, не только торговали церквами как лавками, не допускали священников и даже игуменов по монастырям ни в какому церковному управлению и распоряжались церковными имениями и суммами как своими собственными, но и самими священниками и игуменами нередко располагали как своими наемниками. Защита, которую духовенство думало найти в соборах, оказывалась очень слабою и ненадежною в борьбе с требованиями народного веча, которое распоряжалось церковными делами с полным произволом, не справляясь ни с какими церковными законами. В 1468 году своеволие веча дошло до того, что оно отлучило от службы и лишило должностей всех вдовствующих попов и диаконов, не только не посоветовавшись об этом с владычным наместником и псковскими соборами, но даже не спросившись ни у владыки новгородского, ни у митрополита всея Руси. Эта последняя чересчур крутая и своевольная мера, и многие другие вопиющие беспорядки и неправды наконец подняли долго молчавшее духовенство; и в 1469 году все священноиноки и священники всего Пскова решились на последнюю меру: образовать из себя правильно организованное пресвитериальное общество со своими законами, утвержденными всем Псковом, со своим выборным начальством, которое было бы представителем не того или другого собора, но всего псковского духовенства и имело бы достаточно силы действовать сколько-нибудь независимо от прихотей церковных старост и своеволия веча. Решившись на такую важную меру, священноиноки и священники Пскова, все до одного, осенью 1469 года явились на вече и, благословив псковского князя Федора Юрьевича и посадников степенных и всех посадников и весь Псков, выразили свое требование, с которым пришли, в следующих словах: «Таково видите и сами, сынове, что по нашим грехам, такову на нас Господь свою милость посылает к нам, и ожидая, сынове, как от вас, так и от нас обращения к себе. А ныне, сынове, промежи себя хотим, по правилам св. отец и святых апостол, во всем священстве крепость поддержати, а о своем управленьи, как нам священникам по Номоканону жити; а вы нам, сынове, поборники будете, за неже здесь в сей земли правителя над нами нет, а нам о себе тоя крепости удержати немочно но промежи себя о каковых нибуди духовным вещах. А вы ся в то иное и миром вступаете, а чрез святых апостол и св. отец правила; а в том, сынове, и на вас хотим таковую крепость духовную поддержати». Вече, отчаявшееся уже иметь особого епископа Пскову и желая так или иначе отделаться от владыки новгородского, было радо таковому предложению духовенства и отвечало: «То ведаете вы, все Божие священство; а мы вам поборники на всяк благ советь». По получении такового благоприятного ответа духовенство, написав грамоту из Номоканона о всех своих священнических крепостях и о церковных вещах, положило ее в ларь Св. Троицы, где хранились и окончательно утверждались все псковские законы, и на вече, перед всем Псковом, выбрало себе по грамоте правителей над всеми бывшими тогда пятью соборами и над всем священством, попа Андрея Козу, от Св. архангела Михаила и другого с Завеличья Харитона, попа от Успения Пресвятой Богородицы. Таким образом, псковское духовенство, с согласия всего Пскова, успело организовать из себя что-то целое, в чисто псковской форме правления, при двух выборных начальниках, со своими законами, которые обязалось соблюдать и само псковское вече.