В 199–217(?) гг. папой в Риме был Зефирин – этот период заслуживает упоминания только в связи с тем, что, как сообщают отдельные источники, еретики выдвинули в противовес ему некоего священника Наталия в качестве антипапы. Преемником Зефирина стал его ближайший помощник, архидиакон Каликст (217–222). Это говорит уже о том, что на смену свободным выборам постепенно приходит практика наследования епископской власти внутри клира. Оппозиция же прибегла к уже опробованному приему, избрав антипапу в лице Ипполита. По всей вероятности, в римской экклезии к этому времени сформировались две партии, и каждая из них выбирала своего епископа.

Первый достаточно длительный период sede vacante (вакантного, то есть незанятого папского престола) имел место во время преследования христиан императором Децием (249–251). Жертвой этих преследований стал папа Фабиан (236–250), после чего в течение целого года община не имела возможности выбрать нового епископа. Заботясь об укреплении государственной религии, Деций планировал принудить всех христиан к отказу от веры. Преследования 250 г. действительно затронули широкие слои населения империи; наряду с большим количеством мучеников многие христиане (в их числе были даже епископы) стали вероотступниками.

В период папства Стефана I (254–257) в африканских общинах развернулась полемика по вопросу, следует ли еретиков и вероотступников, пожелавших вернуться в истинную веру, крестить заново. Очевидно, таковых было много, что понудило римского епископа задуматься над тем, как облегчить бывшим вероотступникам возврат в лоно церкви, – он посчитал повторное крещение ненужным. Послание Стефана по этому вопросу, направленное им карфагенскому епископу, было выдержано в весьма решительном тоне, что опять-таки свидетельствует о растущем верховенстве римского епископа в принципиальных вопросах веры.

В середине III в. римская христианская церковь находилась в состоянии расцвета; об этом периоде есть следующие данные: количество верующих – примерно 30 тысяч; клир – 46 пресвитеров, 7 диаконов, 7 поддиаконов, 42 алтарных слуги (acholythus), 52 младших служащих (чтецы, экзорцисты, привратники). Римский клир в строгом иерархическом порядке (соответственно приведенному перечню) подчинялся стоящему во главе церкви епископу. Внутри самого клира также существовала иерархическая дистанция между священнослужителями высшего ранга и более многочисленным отрядом низшего духовенства.

В последней трети III в. церковь подошла к новой ступени своего расцвета, власть ее все возрастала. Заботясь об укреплении единства империи, император Диоклетиан (284–305) не мог терпеть ситуации «государства в государстве» – и предпринял попытку разрушить церковь. Гонения на церковь при Диоклетиане были самыми кровавыми в ее истории: несколько тысяч христиан были казнены, еще больше стали вероотступниками. Папой в это время был епископ Марцеллин (296–304): ему пришлось вести борьбу не только с государством, но еще и с манихейством – вероучением, пришедшим из Персии. В сложных перипетиях борьбы, по свидетельству ряда источников, папа проявил слабость: страшась мученической смерти, он пожертвовал верой и стал вероотступником. Гонения и преследования при Диоклетиане подорвали римскую церковь организационно: целых четыре года здесь не могли избрать нового епископа.

В III в. в Римской империи возникла опасность распада. В конечном счете императорская власть – прибегнув к новой, откровенно диктаторской форме правления, доминату, – сумела справиться с кризисом. Создание домината связывается с именем Диоклетиана. Император рассматривал себя как бога и требовал почестей, положенных богу. А любые народные движения подавлял силой, топил их в крови. Прежде всего он расправился с радикальной сектой манихейского христианства, потом предпринял попытку уничтожить христианство как таковое. Однако это ему уже не удалось; более того, христианство вышло из этих испытаний морально окрепшим.