Проект создания реестрового казачества впервые был выдвинут в Речи Посполитой в 1524 году, при правлении великого князя литовского и короля польского Сигизмунда I Старого, который впервые поручил организовать казаков на государственную службу. Но из-за недостатка финансовых средств, этому проекту не суждено было сбыться. Реализован он был лишь королём Сигизмундом II Августом, подписавшим в начале июня 1572 года соответствующий универсал. Польское правительство пыталось использовать верхушку украинского казачества в своих интересах, создав категорию реестровых казаков, состоящих на жаловании, а остальных казаков стремилось перевести в податные сословия и закрепостить.

Грамота Сигизмунда II Августа, направленная на Запорожье, предлагала запорожцам поступать на королевскую службу, для несения охранной службы и полицейских обязанностей. Король подтвердил распоряжение коронного гетмана Ежи Язловецкого о наборе 300 казаков на государственную службу. Одним из самых важных пунктов этого решения было назначение шляхтича Яна Бадовского19 старшим и судьёй над низовыми казаками.

Установление особого административного и судебного производства для реестровых казаков имело целью организацию контроля над всем казачеством. Ян Бадовский с помощью принятых на службу казаков должен был удерживать остальных (нереестровых) казаков от действий, которые противоречили бы государственным интересам. Набирали в реестр, главным образом, зажиточных крестьян королевских имений и мелких украинских шляхтичей.

Реформой короля Стефана Батория, последовавшей в 1583 году, украинские казаки были уже официально разделены на реестровых и нереестровых. При этом реестровые объявлены были, так сказать, подзаконным казацким сословием, а нереестровые – внезаконным. Последние, горя ненавистью к правительству, устремились за пороги Днепра и там установили «свою волю, свою правду, свою силу». Наконец резкое отделение запорожских казаков от городовых окончательно установилось в первой половине XVII века.20

После организации реестрового войска польское правительство стало признавать казаком только того, кто был вписан в реестр. За всеми другими власти не признавали не только казацких прав, но и самого названия «казак». Реестровые казаки обязаны были отбывать службу в Южном Поднепровье, по преимуществу за порогами. Там, на пограничье, они обязывались выставлять залогу (гарнизон). Реестровое войско стало именоваться в официальных актах «Войском Запорожским». Называя так реестровцев, польское правительство подчёркивало, что все остальные казаки, прежде всего, входившие в Запорожскую Сечь, были поставлены вне закона.

Таким образом, с этого времени фактически существовало два войска, каждое из которых называлось «Запорожским». Современники, чтобы избежать путаницы, стали именовать вольное казачество за порогами Днепра Войском Запорожским низовым или Запорожской Сечью. Так появилось новое сословие в Речи Посполитой – казацкое. Казачество получило права и привилегии, и даже казаки, временно внесённые в реестр, пользовались этими привилегиями.

Однако, несмотря на то, что реестровые казаки юридически считались сословной группой, за которой закон закреплял определённые права и преимущества, в действительности, это было далеко не всегда так. Старостинская21 администрация и местная шляхта не признавали за ними казацких прав, заставляли отбывать разные повинности, платить всевозможные сборы, отнимали имущество, подвергали их таким же притеснениям и унижениям, как и своих подданных. Сплошь и рядом нарушались права казацкой старшины, которую старосты и шляхта всячески игнорировали и ущемляли её экономические интересы: стесняли в праве торговать, держать промыслы, корчмы. Что же касается правительства, то оно всегда придерживалось одной политики: когда появлялась нужда в казацком войске, оно призывало крестьян вступать в реестр, а когда такая нужда исчезала, исключало новых казаков из списков. Так, в военное время король приглашал сечевых запорожцев принять участие в военных действиях реестрового войска. Это впервые произошло при Стефане Батории. Во время Ливонской войны 1581—1582 годов с Московским государством, кроме отряда реестровых казаков (600 человек) в походе принимали участие более 4-х тысяч казаков.