Казаки старались извлекать из этого прямую материальную выгоду. Представляя себя как защитников южных рубежей Московского государства, они требовали от царя регулярного жалованья оружием, порохом и деньгами. Для царей же был важен этот «санитарный кордон», предохранявший Россию от непосредственного соприкосновения с могучими южными соседями – Турцией и Персией. Правда, иной раз донские казаки своей самостоятельностью приносили русскому царю немало внешнеполитических хлопот. Своими частыми набегами на Азов они сталкивали Россию с Турцией. Османские министры жаловались московским послам: «Донских казаков каждый год наши люди побивают многих, а всё их не убывает… Если б прибылых людей на Дон с Руси не было, то мы давно бы уже управились с казаками». Москва неизменно отвечала на это Турции: «Хотя бы турские люди донских козаков до одного человека побили, то наш великий государь вашему за то не постоит. Наш великий государь сам о том помышляет, чтоб казаков на Дону не было».

В 1630 году для усмирения местных жителей на Дон был отправлен с 700 стрельцами царский воевода Иван Карамышев, но донцы в ходе вспыхнувших волнений стрельцов разогнали, а воеводу, изрубив саблями, кинули в Дон. В Москву же казаки отписали, что Карамышев был убит за неоказание чести царскому имени, так как во время чтения грамоты «стоял в шапке, закуся бороду».

В восстании под руководством Кондратия Булавина 1707—1709 годов, казаки приняли активное участие. В то время Россия вела тяжёлую Северную войну со Швецией, войска Карла XII находились на Украине, поэтому Булавинское восстание было воспринято царским правительством как «удар в спину» и репрессии за участие в бунте были необычайно жестокими, даже для тех времён. Подавляя восстание, Пётр Первый приказал князю Василию Долгорукову уничтожить казачьи городки на Хопре – в том числе Пристанский, Беляевский, и Григорьевский. На Бузулуке свирепствовал воевода Апраксин, уничтоживший городки Казарин, Кардаилинский, Дарьинский, Черновской и Осинов. Тысячи казаков были или убиты, или депортированы, или сами разбежались. Богатый Хопёрский край фактически превратился в пустыню. Разгромив повстанцев, Пётр Первый приказал уничтожить Пристанский городок и навсегда изъял из употребления название «Червлёный яр»18. Практически все Червлёно-Ярские земли перешли к Москве и были включены в состав Воронежской губернии. Часть местных казаков потеряла статус служилых людей и была обращена в однодворческое сословие. На месте Станичной слободы был основан Борисоглебск, а на месте Пристанского городка – воздвигнута крепость Новохопёрск, гарнизон которой (на положении городовых казаков) составляла восстановленная Хопёрская казачья команда из «амнистированных» хопёрцев и переселившихся в эти края малороссиян.

Кроме того, в связи с участием значительной части донского казачества в Булавинском восстании, Пётр Первый заставил уничтожить жалованную грамоту Ивана Грозного донскому казачеству, подтверждавшую его права и независимый статус, хранившуюся в подлиннике в войсковом соборе в Черкасске и в многочисленных списках в церквях по казачьим городкам, ежегодно торжественно выносимую и зачитываемую перед казаками на праздник Покрова Богородицы. Таким образом, формально, донское казачество было лишено независимости. Все православные церкви войска Донского официально вошли в состав Воронежской епархии, но, несмотря на это, донские казаки ещё достаточно долгое время продолжали исповедовать старообрядчество.

В 1718 году донцы лишились права самостоятельно назначать войсковых атаманов. В 1723 году войсковой круг, собравшись в последний раз, избрал атаманом известного героя шведской войны и персидского похода Ивана Матвеева, но Пётр Первый его, как находившегося под судом «за взятие у украинских жителей вещей и денег», не утвердил, а повелел быть атаманом впредь до указу старшине Андрею Лопатину. Следовательно, 1723 год нужно считать последним годом, когда у войска Донского было отнято его исконное право избирать в своём кругу войсковых атаманов. С этого года атаманы стали назначаться царской властью.