Среди бросающихся в глаза различий между текстом Евангелия от Иоанна и остальными тремя евангелиями следует упомянуть, во-первых, то, что в подаче Иоанна некоторые события происходят в иное время, чем об этом говорится в Евангелиях от Матфея, Марка и Луки. Например, Иоанн утверждает, что изгнание торговцев из храма произошло в начале проповеднической деятельности Иисуса, в то время как другие евангелисты относят это событие уже к последним дням Иисуса, после Его триумфального входа в Иерусалим. Затем, по Иоанну, Тайная вечеря была до празднества Еврейской Пасхи, а распятие Иисуса – до наступления первого дня Пасхи. Кроме того, в описании Иоанна пастырство Иисуса длилось два года, в то время как остальные евангелисты говорят о сроке в один год. В синоптических евангелиях речь идет главным образом о деяниях Иисуса, в то время как Евангелие от Иоанна представляет собою некий свод аллегорий относительно философских и мистических основ христианского вероучения. Второй важной характеристикой синоптических евангелий является то, что в них на первом плане мессианское послание – «Благая весть» – и связанные с этим религиозные проблемы; то есть поставлена цель утвердить Иисуса в роли Спасителя и укрепить веру в Церковь. Евангелие же от Иоанна более сосредоточено на самом учении Иисуса и, следовательно, в духовном плане более гностично.
Современные исследователи в основном пришли к соглашению, что фигура автора Евангелия от Иоанна весьма отличается от фигур авторов синоптических евангелий. Они также считают, что написано оно было гораздо позже. Сама идея, что из десятка доступных повествований были выбраны тексты, сходные по содержанию, порождает вопрос о причинах, кроющихся за подобным выбором. Во время создания канонического свода Библии проходили жаркие дебаты по поводу того, какие именно тексты следует включить. Подобно Посланиям Павла, евангелия должны были служить консолидации христианской философии, укреплять веру и помогать различным церквам и конфессиям в понимании и распространении христианского послания. В Новом Завете содержится тринадцать посланий, автором которых считают апостола Павла. Ученые считают, что семь из них были написаны самим Павлом: Первое послание к Фессалоникийцам, Послание к Галатам, Первое послание к Коринфянам, Второе послание к Коринфянам, Послание к Римлянам, Послание к Филлипийцам и Послание к Филимону. Таким образом, выбор евангелий и книг, включенных в Библию, основывался на приверженности к определенному взгляду на историю Иисуса; стояло за ним и желание новой Церкви зародить веру в избранные христианские истории, разжечь в людях желание соблюдать верность вновь образованным церквам, основывающимся на этой истории. Именно в этот момент лидеры ортодоксального иудаизма стали отделять себя от образовавшейся христианской секты, состоящей из иудеев, которые, продолжая посещать синагогу, в то же время следовали христианской вере (учению Иисуса). Как мы уже отмечали, правоверные иудеи до сих пор считают, что долгожданный Мессия еще не пришел на землю, и, следовательно, не верят в подлинность описанной в евангелии миссии Иисуса, а также самой истории его деяний.