Консулом в Японии в январе 1858 г. был назначен по рекомендации Путятина И. А. Гошкевич. Путятин писал Горчакову, что Гошкевич знает не только европейские, но и китайский и японский языки, изучил законодательство, административное устройство и политическую систему Японии, проявил дипломатический такт в сношениях с японцами и сумел «без всякой надменности внушить им высокое понятие о России». В феврале 1858 г. Министерство иностранных дел направило Гошкевичу Инструкцию, которая приводится полностью как образец дипломатических документов А. М. Горчакова и чётких указаний по сахалинскому вопросу:

8/20 февраля 1858 г.

Заключением с Японией трактата 1855 г. Россия, после полувековых усилий, достигла важной цели. Её политической и торговой деятельности открыто новое поприще, на котором дальнейшие успехи несомненны при благоразумии и постоянстве.

Назначив Вас российским консулом в Хакодате, правительство возложило на Вас равно лестную и трудную обязанность первого исполнителя его предначертаний в крае, с которым мы доселе не имели постоянных и правильных политических сношений.

Министерство не считает нужным изъяснять местные препятствия, которые Вам надлежит преодолеть. В бытность Вашу в Японии, Вы имели случай изучить отчасти народные нравы и обычаи, законы, административное устройство и политическую систему сего государства. Но необходимо определить Ваши права и служебные отношения и указать Вам предметы, на которые преимущественно обращена заботливость нашего правительства.

1. Ведению консульства подлежат польза нашего правительства и дела русских подданных в Японии.

2. Подчинённое на общем основании Министерству иностранных дел и Азиатскому департаменту консульство в то же время поручается попечению и руководству главного начальника Восточной Сибири.

Тамошний генерал-губернатор следит за его действиями и даёт ему надлежащие предписания, когда не требуется высочайшего разрешения или предварительных соображений Министерства иностранных дел.

3. Он может вызвать консула и состоящие при нём лица в Николаевск для личных объяснений по делам службы.

4. Мы желаем единственно упрочения и распространения нашей торговли с Японией. Всякие другие виды, всякая мысль о вмешательстве во внутренние дела чужды нашей политике. Старайтесь убедить в том японское правительство и наблюдайте, чтобы неприязненные внушения не дали ему превратного понятия о наших намерениях.

5. Консульство охраняет права и преимущества, утверждённые за нами трактатами 1855 и 1857 гг., и, на основании IX ст. первого из них, требует распространения на Россию условий, которые будут впредь постановляемы японским правительством в пользу других наций. Оно, в случае нужды, испрашивает разрешение императорского правительства на заключение новых конвенций.

6. Консульство доставляет Министерству иностранных дел сведения о политическом и административном состоянии Японии.

7. Оно обращает особенное, постоянное внимание на торговлю и промышленность сей страны и указывает произведения и изделия, которые доселе не вывозятся из её пределов, но могли бы найти заграничный сбыт.

8. Как агенты Российско-Американской Компании, так и все русские, торгующие в Японии, пользуются покровительством, защитой и содействием консульства.

Экипажи наших купеческих судов, в случае нужды, обращаются к его посредничеству для склонения местных властей к исполнению их законных требований.

9. Японское правительство ревнует успехам астрономии, мореходства и медицины. Желательно, чтобы отправляемые нами в Хакодате морской офицер и врач способствовали к осуществлению его видов. Подобные услуги благоприятствуют дружественным международным сношениям.