Из Китая Путятин вновь отправился в Японию. И здесь его ожидал новый дипломатический успех. 7 августа 1858 г. в Эдо был подписан русско-японский договор о торговле и мореплавании, действовавший до 1895 г. Статьи Симодского трактата, не противоречащие Эдоскому договору, были оставлены в силе, а объяснительные статьи и дополнительный трактат 1857 г. отменялись. Что касается границ, то Эдоский договор не вносил никаких изменений, всё оставалось по-прежнему, т. е. граница проходила между островами Итуруп и Уруп, а Сахалин оставался неразделённым, в общем владении обоих государств. Все права и преимущества, которые могли быть даны впоследствии представителям других государств, распространялись на русских без дальнейших переговоров.

Ст. 1-я. «Статьи трактата, заключённого между Россией и Японией в Симоде 26 января 1855 года, непротиворечащие постановлениям настоящего трактата, остаются в своей силе. Объяснительные же статьи к Симодскому трактату и дополнительный трактат, подписанный в Нагасаки 12 октября 1857 года, отменяются.»

Ст. 2-я. «Отныне его величество Император Всероссийский будет иметь право назначить дипломатического агента ко двору его величества Тайкуна Японского, и взаимно е. в. Тайкун Японский может назначать дипломатического агента ко двору е. в. Императора Всероссийского. Дипломатический агент может быть в звании посла, посланника, министра и поверенного в делах. Российский дипломатический имеет право постоянного жительства в Иедо и со вступления своего в должность может свободно посещать все другие места Японского государства. Сим последним правом может также пользоваться русский генеральный консул. Японский дипломатический агент и генеральный консул в России имеют те же права, какие предоставляются в Японии российскому дипломатическому агенту и генеральному консулу.»

Ст. 3-я. «Сверх ныне уже открытых портов, Хакодате и Нагасаки, и затем порта Симоды правительство японское открывает ещё следующие порты: Канагаву, в бухте Бусиу, с 1 июля нов. Ст. 1859 года. Хиого, в бухте Сессиу, с 1 января н. с. 1863 года. Кроме сих двух портов японское правительство откроет ещё с 1 января н. с. 1860 года один удобный порт на западном берегу острова Ниппона и известит о том российское правительство прежде означенного времени, как только порт будет избран. Порт Симода закроется через шесть месяцев после открытия Канагавы.»

Ст. 4-я. «Правительство российское может иметь консулов или консульских агентов во всех или в некоторых из открытых для российской торговли портов Японии. Японское правительство, смотря по надобности, отведёт приличные места как для домов консула и лиц, состоящих при нём, так и для школ, больниц и т. п.»

Ст. 5-я. «В вышеупомянутых пяти портах русские могут жить временно и постоянно; они имеют право нанимать земли и покупать или нанимать находящиеся на этих землях дома и другие здания, также строить свои церкви, дома и магазины. Под видом жилища и иных построек не должны быть воздвигаемы какие-либо военные укрепления, и для чего японские власти могут иметь наблюдение за постройкою и переделкою зданий. Место, где русские могут строиться, и частные правила для соблюдения в каждом порте будут определены русским консулом сообща с местным японским начальством. В случае разногласия их дело разрешается русским дипломатическим агентом и правительством японским.»

Ст. 6-я. «В городах Иедо и Осака русские могут жить только для производства торговли; в первом – с 1 января н. с. 1862 года, а в последнем с 1 же января 1863 года. В каждом из сих двух городов, по соглашению российского дипломатического агента с правительством японским отведено будет приличное место, где русским можно будет нанимать дома, и определится пространство, за черту которого они не должны будут удаляться.»