История Баварии во времена правлении Саксонской династии (вторая половина Х-го – ХI век) была наполнена характерной для того периода Средневековья внутренней борьбой за власть. Императоры Священной Римской империи стремились установить полный контроль над Баварией, герцоги же боролись за то, чтобы стать полновластными хозяевами в герцогстве. Императоры то назначали герцогов в Баварию, то изгоняли их. В свою очередь герцоги, объединившись с другими аристократами, время от времени бунтовали против императоров. От всех этих междоусобных войн страдала, прежде всего, сама страна и баварцы. Внутренние раздоры привели к сокращению территории Баварии. Уже в 976 году император Оттон II отделил от Баварии её восточные части и образовал из них герцогство «Великая Карантания», включившее Каринтию, Штирию, Словению, Фриули, Истрию и Верону.

После Саксонской династии с 1070 года в Баварии правили Вельфы, наиболее известным из которых был Генрих Лев. Герцогом его назначил в 1156 году император Фридрих I Барбаросса, выделив при этом из Баварии Австрию как самостоятельное герцогство. В 1158 году на р. Изар Генрих Лев основал поселение, ставшее впоследствии столицей Баварии Мюнхеном. За отказ идти вместе с ним в поход в Италию Фридрих I Барбаросса в 1180 году отстранил Генриха Льва от власти, а Баварию передал пфальцграфу Оттону Виттельсбаху, ставшему родоначальником династии, правившей в Баварии до 1918 года. Хотя в 1214 году владения баварских герцогов увеличились за счёт Рейнского Пфальца, позднее они потеряли Тироль, архиепископство Зальцбург, северный Пфальц. Само же герцогство в 1255 году распалось на уделы. Один со столицей в Мюнхене включал Верхнюю Баварию и Рейнский Пфальц, второй – Нижнюю Баварию со столицей в Ландсхуте. Ставший в 1314 году королём, а в 1328 году императором Людвиг IV Баварский в 1340 году объединил страну под своей властью, посредством брака приобрёл графства Голландия, Зеландия и Эно (Геннегау), а также заполучил ещё Бранденбург и Тироль. Однако после его смерти в 1347 году на протяжении второй половины XIV – в XV веке Бавария распалась на целый ряд маленьких герцогств.

Вплоть до ХХ века Бавария, несмотря на наличие многих городов с развитой рыночной торговлей и цеховым, в последствии мануфактурным производством, оставалась преимущественно сельскохозяйственной страной. Но такие богатые города, как правило, обладали статусом имперских городов и не подчинялись баварским герцогам. Центрами христианской духовности и культуры, помимо епископств Зальцбург, Пассау и Регенсбург, оставались такие монастыри, как Тегернзе, Нидеральтайх и Санкт-Эммерам.

Развитие сословного устройства, при котором духовные и светские князья и города вели себя довольно самостоятельно, привело в XIV—XV вв. к серьёзному ослаблению государственности в Баварии. Её укрепление произошло при Альбрехте IV Мудром. В 1506 году он объединил баварские сословия в одно сословное собрание и добился от них признания неделимости государства и правила престолонаследия по первородству.

В эпоху Реформации XVI века Бавария осталась верна католицизму, её не затронула ни Крестьянская война в Германии в 1524—1525 гг,, ни «Шмалькальденская война» 1546—1547 гг. между императором Карлом V и протестантами. В 1541 году герцог Вильгельм IV призвал в Баварию верный Ватикану Орден иезуитов, а во второй половине века при Альбрехте V Великодушным, а затем Вильгельме V Благочестивом, Бавария превратилась в оплот Контрреформации.

В «Тридцатилетнюю войну» 1618—1648 гг. Бавария вступила на стороне Габсбургов, за что в 1623 году лидер «Католической лиги» герцог Максимилиан I получил от императора титул курфюрста, а в 1628 году – Верхний Пфальц. В начале 30-х годов Бавария пережила разорение в результате нашествия войск Антигабсбургской коалиции во главе со шведским королём Густавом II Адольфом.