Как и во многих других европейских странах, в XVII веке в Баварии сложилась абсолютная монархия, а баварский ландтаг перестал собираться с 1669 года. Во время «Войны за испанское наследство» 1701—1714 гг. Бавария участвовала на стороне Франции и Испании, но была разбита 13 августа 1704 года войсками Джона Черчилля герцога Мальборо и принца Евгения Савойского в Гохштедтском сражении, после чего вышла из войны и была до 1714 года оккупирована Австрией. В период «Войны за австрийское наследство» 1740—1748 гг. участвовавший в ней на стороне Франции, Испании, Пруссии курфюрст Карл VII Альбрехт завоевал Верхнюю Австрию, стал королём Чехии и императором Священной Римской империи, но сама Бавария затем была занята австрийцами и оставалась оккупированной до заключения сепаратного мира в 1745 году.

После прекращения в 1777 году династии баварских Виттельсбахов из-за притязаний Австрии разразилась «Война за баварское наследство», закончившаяся в 1779 году переходом Баварии под власть пфальцской линии Виттельсбахов.

После Великой Французской революции конца XVIII века Бавария сначала приняла участие в войнах против Франции. Однако в 1792 году французские войска заняли Пфальц, а в 1795 году вторглись в Баварию и вынудили в 1796 году подписать перемирие. Через пять лет Бавария опять вступила в войну с Францией на стороне Австрии, была разбита и по Люневильскому миру 4 февраля 1801 года потеряла Пфальц и герцогства Цвайбрюккен и Юлих. После этого до 1813 года Бавария была союзницей наполеоновской Франции. В 1803 году в качестве компенсации за потерянные территории Бавария получила епископства Аугсбург, Бамберг, Вюрцбург, Фрейзинг, частично Айхштетт и Пассау. По Пресбургскому миру 26 декабря 1805 года между Францией и Австрией Бавария получила Тироль, Форарльберг, правобережье Инна, маркграфство Бургау, княжество Айхштет, маркграфство Ансбах, Линдау и Пассау.

Благодаря Наполеону, 1 января 1806 года Бавария превратилась в королевство, а герцог Максимилиан IV Йозеф стал королём Максимилианом I. В том же году Бавария вышла из состава Священной Римской империи и вошла в созданный под протекторатом Наполеона «Рейнский союз». Тогда же Наполеон присоединил к Баварии имперский город Нюрнберг, а в 1809 году за участие в войне с Австрией – княжество Регенсбург, маркграфства Байройт, Зальцбург, Берхтесгаден. При этом, однако, Бавария потеряла Южный Тироль и Ульм.

На участие в походе Наполеона на Россию в 1812 году Бавария выставила контингент в 30 тысяч человек, которые почти все погибли. В октябре 1813 года Бавария перешла на сторону Антинаполеоновской коалиции и в её составе участвовала в походах против Франции в 1814—1815 гг. В 1815 году в соответствии с решением Венского конгресса стран-победительниц Бавария вернула себе Рейнский Пфальц, но вынуждена была возвратить Австрии Тироль, Зальцбург и Форарльберг.

В 1818 году взамен конституции 1808 года Бавария получила новую, более демократичную, а также двухпалатный парламент. Ставший в 1825 году королём Людвиг I прославился как покровитель наук и искусств, при нём Мюнхен стал культурной столицей Германии, но при нём же в стране усилилась внутриполитическая реакция и гонения на либералов. Когда началась «Мартовская революция» 1848 года он отрёкся от престола в пользу своего сына Максимилиана II, который согласился на проведение ряда демократических реформ, серьёзно ограничивших королевскую власть.

Замок Хоэншвангау в Баварии, 1837 г.2

Во время правления Людвига II (1864—1886) Бавария принимала участие в Австро-прусской войне 1866 года на стороне Австрии, а затем во Франко-прусской войне 1870—1871 гг. на стороне Пруссии. После войны Бавария вошла в созданную под эгидой Пруссии объединённую Германскую империю. Это благоприятно сказалось на экономическом развитии Баварии, хотя в промышленном отношении она серьёзно отставала от центральных и западных районов Германии.