Во время «Второй маркграфской войны» 1552—1554 гг. прозванный «диким маркграфом» Альбрехт II Альцибиадес («Алкивиад») фон Бранденбург-Кульмбах в 1553 году захватил Бамберг, разграбил и сильно разрушил крепость Альтенбург и поместья каноников. Убытки от его нашествия оценивались в сумму свыше 80 тысяч гульденов.

Епископство Бамберг было одним из основных центров «охоты на ведьм» в Германии в Раннее Новое время. Хотя сжигание ведьм в Бамберге практиковалось с конца XVI века, особый размах охота на ведьм получила во время правления епископа Иоганна Георга II Фукса фон Дорнхайма с 1626 до 1631 года. В уничтожении ведьм и колдунов ему особенно помогали поселившиеся в Бамберге капуцины и приглашённые его предшественником Иоганном Готтфридом фон Ашхаузеном в 1610 году иезуиты. Данные о числе казнённых весьма противоречивы: от 300 до 600 человек. По достоверным же источникам, жертвой охоты на ведьм тогда в Бамберге стали 236 человек, в т. ч. 5 бургомистров, несколько придворных служащих и епископский канцлер.

«Охота на ведьм» прекратилась только после вступления в Бамберг шведов 11 февраля 1632 года в ходе «Тридцатилетней войны» 1618—1648 гг. Тогда епископ Фукс фон Дорнхайм сбежал от шведов в Каринтию, а слабо вооруженный город был разграблен войсками шведского короля Густава II Адольфа. В последующие годы Бамберг многократно захватывался шведами и освобождался войсками Католической лиги. В целом, из-за тягот войны, грабежей, расквартирований и постоев, контрибуций и эпидемий население Бамберга сократилось почти на половину: с 12 тысяч до 6 900 человек, а многие из поврежденных зданий и домов оставались неиспользованными.

Только в XVIII веке при епископах Лотаре Франце (1693—1729) и Фридрихе Карле фон Шёнборне (1729—1745) город пережил экономический и культурный расцвет. Тогда в Бамберге быстрыми темпами развивались торговля, ремесло и мануфактура, тогда же в городе наступил строительный бум, весь город тогда строился и приспосабливался к новому стилю барокко.

В ходе «Семилетней войны» 1756—1763 гг. нейтральный Бамберг три раза занимался прусскими войсками: 31 мая 1758 года, 15—16 мая 1759 года и 20 ноября 1762 года. Оккупация города сопровождалась грабежами и наложением на него непомерных контрибуций. В итоге к концу войны епископство заплатило пруссакам 1 млн. гульденов контрибуций, для чего вынуждено было продать свои владения в Каринтии. После войны город очень медленно восстанавливался от её последствий.

В эпоху Революционных войн Франции в 1796 году Бамберг был занят французами и разграблен. Поблизости от города тогда произошло несколько столкновений между французскими и австрийскими войсками.

После Люневильского мира 9 февраля 1801 года между Францией и Австрией, завершившего «Войну второй антифранцузской коалиции», 24 мая 1802 года Бавария и Франция в Париже заключили отдельный мир, по которому город и епископство-княжество Бамберг отходили Курфюршеству Бавария в качестве компенсации за потерю ею областей слева от Рейна (Баварский Пфальц). 2 сентября 1802 года баварские войска заняли территорию епископства, а 6 ноября заняли город. 29 ноября Бавария объявила область своей провинцией и назначила в Бамберг своего генерального комиссара, а архиепископ Кристоф Франц фон Бусек освободил своих служащих и граждан от клятвы верности. Так закончилось продолжавшееся 800 лет господство епископов над городом Бамберг. В 1803 году в соответствии с «Заключительным постановлением имперской депутации» в Священной Римской империи была проведена секуляризация епископств и аббатств, и Бамберг на вполне законных основаниях перешёл Баварии, после чего в нём была проведена секуляризация церковных земель и имущества в пользу государства.