Главными отраслями экономики города тогда были садоводство, огородничество, разведение семян, выращивание лакрицы (солодки). С 1122 года в городе появились пивоварни и начало развиваться пивоварение, получившее потом большое развитие.

После смерти Генриха II в 1024 году Бамберг продолжал оставаться важным политическим и церковным городом. Его епископы принимали деятельное участие в церковной жизни Германии и империи, а преемник первого бамбергского епископа Эбергарда епископ Суитгер в 1046 году стал Римским Папой под именем Клемент II. Город регулярно посещали германские короли и императоры. В 1152 году здесь скончался король Конрад III после своего возвращения из Второго Крестового похода. В Бамберге 21 июня 1208 года на свадебных торжествах своей племянницы пфальцграфом Баварии Оттоном VIII фон Виттельсбахом был заколот король Германии Филипп Швабский.

Бамбергский кафедральный собор, 1004 – 1217 гг.6

Вся полнота власти в Бамберге принадлежала епископу, обладавшего светской властью на территории епископства. Он управлял с помощью Соборного капитула, по сути являвшегося правительством княжества.

Во время «Гуситских войн» 1420—1434 гг. – войны между чешскими протестантами и католиками в январе 1430 году гуситские войска двинулись на Бамберг. Тогда Соборный капитул бежал в замок Гихбург, епископ – в Каринтию, а состоятельные граждане сбежали в Форххайм и Нюрнберг. Когда гуситы захватили соседний город Шеслиц, оставшиеся в Бамберге ремесленники, поденщики и крестьяне сначала разграбили винные погреба, а потом монастыри и дома бежавших горожан. Маркграфу Фридриху фон Бранденбургу удалось договорился с предводителем гуситов Андреасом Прокопом о перемирии, но Бамбергу пришлось заплатить гуситам 12 тысяч гульденов откупных, чтобы избежать разграбления.

Старая ратуша в Бамберге, в осн. XV век7

После этих событий горожане решили укрепить город и окружить его мощной крепостной стеной. Чтобы достать необходимые средства, они решили обложить налогом освобождённое от налогов духовенство. Это вызвало затяжной конфликт с епископом (т. н. «спор об иммунитете», 1431—1437 гг.), в котором на сторону горожан встал король Сигизмунд I Люксембург, а на сторону епископа – церковные соборы. Изгнанный восставшими горожанами из города в 1435 году епископ Антон фон Ротенхан наложил на Бамберг интердикт, в ответ восставшие горожане разорили монастырь Святого Михаила. В конце концов, конфликт закончился примирением и возвращением к прежним порядкам.

Бамберг был в числе первых городов Германии, где возникла типография. В 1460 году епископский секретарь Альбрехт Пфистер издал первую иллюстрированную книгу, а с 1461 года начал печатать первые книги на немецком языке.

Период Позднего Средневековья и Раннего Нового времени был трудным временем для Бамберга: конфликты между епископом и горожанами, католиками и протестантами, Крестьянская, маркграфская и Тридцатилетняя войны, чума и «охота на ведьм» разрушали благосостояние города.

Во время Крестьянской войны в Германии 11 апреля 1525 года горожане восстали против епископа Вейганда Редвица, боровшегося против протестантской Реформации. Повстанцы заняли Бамберг и осадили крепость Альтенбург, в которой укрылся епископ. После того, как он отверг требования горожан о самоуправлении, ликвидации Соборного капитула и свободной проповеди Евангелия, горожане разграбили поместья духовных лиц и монастыри. Осада Альтенбурга была снята армией Швабского союза, пришедшей на помощь епископу, 12 предводителей восстания были казнены, но в итоге в политической и религиозной жизни Бамберга ничего не изменилось.