В 1722 г. император Петр Великий, следуя через Владимирскую и Юрьевскую провинции в Персидский поход, посетил и город Шую. По рассказу современников, он заехал в Шую только для того, чтобы исполнить свое обещание – поклониться иконе Шуйской Смоленской Богородицы, прославленной чудесами, и некогда исцелившей его самого от тяжкой болезни. По слухам, император хотел забрать икону в Москву, но граждане и духовенство просили не лишать их святыни.

В 1770 г. Шуя была истреблена пожаром, который случился в самый Духов день, когда жители были в Троицкой церкви. В этом пожаре пострадала Спасская церковь и каменная часовня при ней, в которой сгорел старинный деревянный крест, поставленный в память избавления от язвы. После пожара Шуя была отстроена по новому плану 1771 г., составленному землемером М. Хомяковым.

В 1792 г. Шуя пережила свой самый страшный пожар, известный как Покровский, случившийся ночь 1 октября и истребившего почти весь город. После этого пожара город отстраивался заново, в соответствии с генеральным планом застройки 1788 г.

В июле 1831 г. от холеры погибло триста горожан. В память этого был установлен крестный ход вокруг города, совершавшийся 28 июля. Погибших похоронили в общих могилах за городом, в урочище Рыкове. Это место было обведено земляною насыпью, в 1847 г. градским головой И.Д. Киселевым над могилой был поставлен памятник белого камня, с надписью: «Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Бессмертный, помилуй нас», далее – «на сем месте погребены жители города Шуи, от губительной болезни холеры в 1831 году скончавшиеся, да упокоит их Господь с миром».

Особенно достопамятен для Шуйских был граждан 1837 год. 12 мая Шую посетил цесаревич Александр Николаевич. В Воскресенском соборе он приложился к чудотворной Смоленской иконе Божией Матери. Соборный протоиерей Василий Цветков поднес копию почитаемой иконы. После собора государь посетил Крестовоздвиженскую церковь, а потом отправился в дом почетных граждан братьев Киселевых. Сопровождал цесаревича поэт Василий Андреевич Жуковский.

Моровая язва 1848 г., поразившая многие города России, по заступничеству Богоматери, в Шуе быстро прекратилась.

В XIX в. Шуя была лучшим уездным городом Владимирской губернии. Ее мануфактуры и фабрики, которых насчитывалось до 250, были первыми по объемам и качеству выпускавшейся продукции. Красноречиво говорит и тот факт, что возведенная в Шуе колокольня Воскресенского собора превосходила колокольню Ивана Великого, колокольню Троице-Сергиевой лавры и Печерскую колокольню в Киеве и уступала только колокольне Петропавловского собора Санкт-Петербурга.

События, происходившие в Шуе в начале 1920-х гг. вошли в новейшую историю Русской Церкви как первое народное волнение верующих в их стремлении противостоять грабежу церковных ценностей, и как повод для начала новых, массовых гонений на церковь. Погибли, защищая святыню от поругания, несколько человек мирян, обогрив паперть Воскресенского собора. Пострадали и священнослужители – протоиерей Павел Михайлович Светозаров и священник Иван Степанович. Протоиерей Павел Михайлович Светозаров до революции преподавал Закон Божий в шуйской гимназии, а когда преподавание было запрещено, перенес уроки в Воскресенский собор. Иван Степанович и Павел Михайлович Светозаров были расстреляны, перед расстрелом они совершили по себе отпевание. Русской Православной Церковью они прославлены в лике священномучеников. Вместе с ними был расстрелян мирянин Петр Иванович Языков, его Церковь прославила в чине мучеников.

Так, в 1920-х гг. с чудотворной Смоленской иконы Божией Матери была снята ее драгоценная риза, а после закрытия Воскресенского собора в начале 1930-х гг., бесследно пропала и сама икона. Ходили слухи, что она хранилась у кого-то из священнослужителей, но вероятнее, что она была вывезена за границу. Чтимые списки Смоленской иконы сегодня находятся в шуйских храмах и Крестовоздвиженской церкви Палеха.