В эпоху самозванцев Борисо-Глебская церковь была отдельной и имела особый причт. В самом конце XVII в. в новой каменной Воздвиженской церкви был снова устроен Борисоглебский придел. 25 сентября 1693 г. Крестовоздвиженская церковь была освящена по благословению митрополита Суздальскаго и Юрьевского Илариона.

При Крестовоздвиженской церкви существовала деревянная церковь во имя св. вмч. Георгия. Обе церкви были разрушены во время пожара 12 мая 1710 г.

На протяжении всего XVIII в. Воздвиженская церковь находилась в бедственном положении. С 1801 г. на средства известных благотворителей, почетных граждан Киселевых и Посылиных в храме были исправлены ветхости, древняя утварь заменена новой. В 1823 г. храм был возобновлен снаружи и освящен в 1831 г. епископом Владимирским и Суздальским Парфением.

Внутри храм украшал иконостас с колоннами искусной резьбы, вызолоченный червонным золотом мастером Кремлевской экспедиции Петром Софоновым.

В настоящее время Крестовоздвиженская церковь Шуи пребывает в руинированном состоянии.

Спасская церковь с часовней. Спасская церковь впервые упоминается в 1629 г. Тогда она имела придел во имя свв. бессребренников Козьмы и Дамиана, освященный в память отдельной церкви, существовавшей в 1616 г.

В память чудесного избавления от моровой язвы, свирепствовавшей в Шуе с 1 сентября по 12 октября 1654 г., при Спасской церкви была построена часовня и в ней поставлен деревянный крест, выполненный по образцу Ново-Иерусалимского креста, из трех видов дерева – кипариса, кедра и можжевельника. Впоследствии крест погиб в пожаре.

В XVII в. при церкви существовал Спасский женский монастырь, в административной зависимости от Шуйского Троицкого мужского монастыря.

В этот монастырь, в конце царствования Петра I, были переведена инокини Борисоглебского монастыря. Спасский монастырь был упразднен в 1764 г.

Спасская церковь была перестроена в середине XIX в. Она выполнена в итальянском вкусе, с портиками, куполом и золоченым крестом, внутри имела превосходную роспись. Старожилы отмечали, что храм был похож на собор св. Петра в Риме и Исаакиевский собор в Петербурге. Церковь была освящена 6 июля 1847 г. настоятелем муромского Спасского монастыря, членом Владимирской духовной консистории архимандритом Иеронимом.

В начале 1930-х гг. Спасская церковь и часовня были взорваны.

Троицкая кладбищенская церковь. На шуйском городском кладбище располагалась Троицкая церковь. Она стояла в красивом месте, на берегу Тезы и в древности принадлежала Троицкому монастырю. Монастырь известен с середине XVI в., тогда он находился вблизи города и был окружен дремучими лесами. В 1628 г. впервые упоминается настоятель монастыря архимандрит Варнава. В иерархическом отношении Троицкие архимандриты зависели от архимандритов Шартомского монастыря, которые считались степенью выше. В 1629 г. в монастыре было две церкви: Троицкая с Казанским приделом и Успенская с приделами Иакова, брата Господня и Филарета Милостивого. В рукописном сказании о моровой язве под 1654 г. говорится, что Троицкий архимандрит с братиею сочувствовал и скорбел о несчастном городе, истребляемом страшною болезнью. В этом же монастыре принял иночество и был погребен и шуйский иконописец Герасим Тиханов, написавший чудотворную Смоленскую икону Божией Матери для Шуи. Монастырь был упразднен в 1764 г., Троицкая церковь обращена в приходскую, а место бывшего монастыря, как удаленное от городского центра, было отведено для городского кладбища.

В 1810 г. городской голова Иван Шилов обвел территорию кладбища каменной оградою с красивою часовнею на одном углу.