В результате, вплоть до января 1905 года, власти не знали, что происходит в стенах Гапоновского «Собрания», и события 9 января явились для них полной неожиданностью. Это было не политическое «Общество», с настоящими рабочими во главе.

8 января 1905 года, Гапон был объявлен в розыск. После событий 9 января Гапон стал объектом самых активных поисков полиции, а после бегства за границу был взят под наблюдение Заграничной агентурой Департамента полиции. Собрав группу инициативных рабочих, Гапон предложил им «бросить форму московской организации, освободиться от опеки административных нянек и создать материальную независимость». Предложение было поддержано рабочими, и 30 августа 1903 года на Выборгской стороне, на деньги рабочих, была открыта первая чайная-клуб, ставшая центром нового общества. Встав во главе организации, Гапон быстро удалил из него ставленников Зубатова и назначил на все ответственные посты своих людей. Вскоре чайная-клуб был торжественно открыт, под названием «Собрание русских фабрично-заводских рабочих г. Санкт-Петербурга».

Оказавшись во главе «рабочего Собрания», Гапон развернул активную деятельность. Формально Собрание занималось организацией взаимной помощи и просветительством, однако Гапон придал ему иное направление. Из числа верных рабочих Гапон организовал особый кружок, который называл «тайным комитетом» и который собирался на квартире Гапона. Ближайшими соратниками Гапона по «тайному комитету» были рабочие Васильев и Варнашёв. На собраниях кружка читалась нелегальная литература, изучалась история революционного движения и обсуждались планы будущей борьбы рабочих за свои права. Замысел Гапона состоял в том, чтобы объединить широкие рабочие массы и поднять их на борьбу за свои человеческие права, за свои экономические и политические интересы.

Первое время дело организации продвигалось туго, и до весны 1904 года численность Собрания не превышала нескольких сот человек. Стремясь расширить свою организацию, Гапон стал искать связей с влиятельными рабочими, которые могли бы привести в Собрание новых членов. Осенью 1903 года ему удалось привлечь к работе в Собрании влиятельную группу рабочих с Васильевского острова, известную под названием группы Карелина. Ведущую роль в этой группе играли супруги Алексей Карелин и Вера Карелина. Это были люди, прошедшие через социал-демократические кружки, но имевшие тактические расхождения с социал-демократической партией. Их объединяла нелюбовь к партийной интеллигенции и стремление найти пути для открытой деятельности в рабочих массах.

Гапон безусловно не проповедовал революционную идею освобождения рабочего класса, путём вооружённого восстания, поэтому подпольная партийная деятельность ему не требовалась. Он стремился создать легальную организацию рабочих по легальному плану, для улучшения их социального и материального положения, и надеялся на выполнение этой задачи, если отдельные группы инициативных рабочих соберутся около него и поддержат его. Таким образом он думал организовать общество, ведя дело возможно осторожнее, рабочее общество, в которое должно войти возможно большее число членов. Он считал себя призванным стать во главе движения массы людей, а рабочие для этого максимально ему подходили, стать своего рода «апостолом пролетариата». Насчитывая в обществе несколько десятков, а, может быть, и сотен тысяч, можно организовать такую пролетарскую армию, с которой в конце концов правительству и заводчикам придётся считаться, в силу необходимости, и будет возможность улучшить социальное положение рабочих. В этом состоял план Гапона, и он полагал, что такой план имеет будущность.