В 1898 году от внезапной болезни умерла молодая жена Гапона. Осталось двое маленьких детей, Мария и Алексей. Это событие стало поворотным моментом в жизни Гапона. Чтобы избавиться от тяжёлых мыслей, он поехал в С.-Петербург, поступать в Духовную Академию. Диплом второй степени не давал ему права на поступление в Академию, поэтому Гапону пришлось заручиться поддержкой епископа Иллариона, который состоял в дружеских отношениях с обер-прокурором Святейшего Синода Константином Победоносцевым. Получив рекомендательное письмо от Иллариона, Гапон явился к Победоносцеву и по его протекции, поступил на 1-й курс Академии.

Учёба в Духовной Академии быстро разочаровала Гапона. В преподаваемых предметах он видел только мёртвую схоластику, которая не давала ему ответа на вопрос о смысле жизни. Лишившись душевного равновесия, Гапон забросил учёбу и летом 1899 года уехал поправлять здоровье в Крым. В Крыму он посещал местные монастыри, раздумывая, не уйти ли ему в монахи, однако решил, что жизнь в монастыре несовместима со служением народу. Большое влияние на Гапона оказало знакомство с художником Василием Верещагиным, который советовал ему сбросить рясу и работать на благо народа, и с либеральным армянским публицистом Григорием Джаншиевым.

Возвратившись в С.-Петербург, Гапон начал участвовать в благотворительных миссиях, занимавшихся христианской проповедью среди рабочих. В 1899 году Гапон начал выступать в качестве проповедника в Церкви Милующей Божьей Матери, в Галерной Гавани, на Васильевском острове. Старостой этой церкви, в то время, был товарищ обер-прокурора Святейшего Синода, Владимир Саблер.

Проповеди Гапона собирали множество людей, и нередко церковь не вмещала в себя всех слушателей, число которых достигало до 2000 человек. Галерная Гавань была местом обитания питерских босяков, и Гапон нередко проводил целые дни, общаясь с обитателями Горьковского «Дна». В своих проповедях он исходил из той мысли, что труд есть основа и смысл жизни, и старался пробудить в слушателях сознание своего человеческого достоинства. Однако Гапон не был доволен своей деятельностью проповедника. Сталкиваясь с бедняками, он стал задаваться мыслью, как реально помочь этим людям вернуться к человеческой жизни.

В 1900 году Гапон был назначен на должность настоятеля сиротского приюта святой Ольги, а также законоучителя и священника приюта Синего Креста. Эти приюты для девушек содержались на пожертвования людей высшего света, и вскоре молодой священник приобрёл популярность в петербургских придворных кругах. Особенное влияние Гапон имел на придворных дам, которые видели в нём чуть ли не пророка, призванного возвестить новые истины и раскрыть тайный смысл учения Христа. Несколько раз Гапон приглашался служить на торжественных праздниках вместе со святым Иоанном Кронштадтским, который оказал на Гапона сильное влияние. Иногда Гапон служил литургии с ректором Духовной Академии, будущим патриархом Сергием, Страгородским. Он также нередко посещал, проходившие под председательством Сергия, Религиозно-философские собрания в С.-Петербурге. Одновременно Гапон продолжал работать в среде питерских рабочих и бедняков, среди которых он скоро приобрёл огромную популярность. Ему нередко случалось отстаивать бедного человека от различных несправедливостей, чем он вызывал к себе нерасположение и вражду со стороны власть имущих. Наталкиваясь на сопротивление чиновников, Гапон говорил, «До царя дойду, а своего добьюсь».

В 1902 году Гапон составил новый проект системы благотворительных учреждений. Проект предусматривал создание трудовых колоний для реабилитации безработных босяков, образцом для которых послужил Кронштадтский Дом трудолюбия. На эту тему Гапоном был написан доклад для подачи императрице Александре Фёдоровне. Доклад был одобрен градоначальником С.-Петербурга, Николаем Клейгельсом, однако не получил дальнейшего хода.