В течение 7 лет он работал на охранку и был разоблачён лишь в 1917 году, когда пришедшие к власти большевики получили доступ к документам Московского охранного отделения. Только тогда стало известно, что в числе других партийцев-подпольщиков агент охранки Романов не раз выдавал и подводил под арест брата и сестру Яковлевых. Летом 1918 года, в числе 15 разоблачённых провокаторов охранки, он был осуждён Верховным революционным трибуналом при ВЦИК Республики и приговорён к высшей мере социальной защиты. Он был расстрелян 30 июня 1918 года в числе 7 бывших секретных сотрудников охранки.

Была ли каким-то образом причастна к этим событиям сама Варвара Николаевна, занимавшая в то время важный пост в Коллегии ВЧК, неизвестно. Но важный урок того, что враг может быть совсем рядом, маскируясь под единомышленника и однопартийца, она, видимо, запомнила на всю оставшуюся жизнь, включая период чекистской работы.

В 1918 году, как указано в энциклопедии октябрьских событий, В.Н. Яковлева работала в Московской ЧК, а затем – в Петроградской ЧК[27]. Она стала единственной женщиной, возглавившей орган Чрезвычайной комиссии за все годы существования советских органов государственной безопасности. Она была председателем крупнейшей Петроградской ЧК в период с 10 ноября (по другим сведениям – с 10 октября) 1918 года по 2 января 1919 года.

После победы Октябрьской революции и прихода к власти партии большевиков сразу же выяснилось, что грамотных и надёжных партийцев с образованием явно недостаточно для управления огромной Россией. Партийные назначенцы опыт государственного управления набирали по методу проб и ошибок. Частыми перестановками на разные должности и различные участки работы подбирались подходящие места для проверенных партийцев. Важное значение имело личное знакомство с партийными лидерами по работе в подполье или в эмиграции. В этой своего рода кадровой чехарде после октябрьских событий оказалась и Варвара Николаевна Яковлева. Большевичка с дореволюционным прошлым, искусная мастерица в деле конспирации и с опытом подпольной работы оказалась востребованной на тайном фронте борьбы с контрреволюцией и саботажем. В то время Варвара Николаевна работала в Петрограде во Всероссийской чрезвычайной комиссии на должностях управделами и секретаря Коллегии ВЧК. В начале декабря 1917 года В.Н. Яковлева, как считали однопартийцы, по рекомендации Ленина, лично знавшего её по эмиграции, была назначена членом Коллегии ВЧК и вошла в ближний круг сотрудников Ф.Э. Дзержинского.

В опубликованных в наши дни документах из Архива ВЧК подтверждается участие Яковлевой в заседаниях Коллегии ВЧК. Например, 18 июля 1918 года она вместе с Дзержинским участвует в заседании Коллегии Отдела по борьбе с контрреволюцией. Судя по всему, проходило оно в Москве, хотя в протоколе место проведения заседания не указано. Обращает на себя внимание тот факт, что дела с указанием фамилий арестованных в протоколах заседаний ВЧК чаще всего занимали лишь одну строку, которая охватывала очень значимый для человека период времени – от расстрела до освобождения из-под ареста. Например, на заседании 18 июля решались судьбы нескольких десятков человек и выносились решения: Дело Вантковского: дело прекратить, его освободить. Дело Сидорова: применить высшую меру наказания. Дело Петрова: направить в Революционный трибунал. Дело Левшецова: прекратить; его освободить под расписку не вести агитацию против Советов[28]. Тогда же в конце заседания были рассмотрены организационные вопросы. Было установлено, что приём частных лиц производится через секретаря с 1 до 2 часов дня Яковлевой и Карлсоном, а с 12 до 1 часа дня они принимают сами. Латыш – большевик с дореволюционным партийным стажем К.М. Карлсон тогда занимал должность помощника заведующего отделом ВЧК и одновременно заведовал разведчиками. Под разведчиками в ту пору чекисты понимали штатных уполномоченных сотрудников, занимавшихся розыском, арестами и обысками подозреваемых. На заседаниях коллегии решались самые разные повседневные вопросы. Например, устанавливалось время докладов, подписи ордеров на аресты, разработки операций, разбора новых дел и рассмотрения текущих вопросов. Или определялось, что каждый сотрудник ВЧК один раз в неделю должен был заступать на ночное дежурство, которое продолжалось с 6 часов вечера до 10 часов утра следующего дня.