Партийной работой в большевистском подполье революционерка Яковлева занималась на профессиональном уровне. Осенью 1916 года она вошла в состав Московского областного бюро ЦК РСДРП (б). Эта руководящая партийная структура была создана в качестве полномочного представительства ЦК партии в Центральном промышленном районе России. Например, с весны 1917 года члены партбюро руководили партийной работой и подготовкой вооружённого восстания на территориях 14 губерний, включая Московскую губернию. В дни Октябрьской революции в Москве член партийного бюро В.Н. Яковлева была делегирована в состав боевого центра РСДРП(б), или, как его тогда называли, – «боевая пятёрка». Именно эти пять партийцев стали руководящим центром Октябрьского восстания в Москве. Среди большевиков-подпольщиков Варвара Николаевна была известна под конспиративными именами «Вера», «В.Н.» и «Ольга Ивановна». Варвара Николаевна активно участвовала в проведении Октябрьского вооружённого восстания в Москве.

После победы Октябрьской революции В.Н. Яковлева не только занимала важные посты в партии и государстве, но и оставалась свободной в выборе своих партийных и идеологических предпочтений. Были в ту пору у неё некоторые сомнения в выборе политического пути. Эти колебания привели её в круг «левых коммунистов», выступавших против переговоров о мире в Бресте. Дело дошло до того, что в знак протеста она подала в отставку со всех партийных постов.

Волею судеб злым роком в подпольной деятельности В.Н. Яковлевой стал провокатор из московской охранки Андрей Сергеевич Романов, известный под конспиративным псевдонимом «Пелагея». Как позже вспоминала Варвара Николаевна, этот внедрённый в ряды социал-демократов секретный агент Московского охранного отделения трижды выдавал её, в результате чего она оказывалась в руках полиции. И такие провалы с последующим арестом происходили вовсе не по вине или из-за неосторожности Варвары Николаевны. Просто в силу разных причин рядом с ней несколько раз оказывался, как она считала, проверенный и надёжный товарищ, большевик из числа московских рабочих. В подпольных социал-демократических кругах его знали под разными партийными псевдонимами – «Жорж», «Георгий», «Иван», «Аля Алексинский» и «Царский». Он считался своим и был вне подозрений. Присутствовал на партийных собраниях, участвовал в обсуждении планов подпольных действий, имел доступ к внутрипартийным документам и занимал разные посты в партии[25].

К тому же он был лично знаком с Лениным и другими видными социал-демократами в эмиграции и в революционном подполье внутри империи. Более того, как один из наиболее подготовленных и способных к революционной борьбе он прошёл обучение в основанной Максимом Горьким партийной школе на острове Капри. Здесь готовились партийные пропагандисты и агитаторы, пополнявшие ряды большевиков. Будучи завербованным Московским охранным отделением в марте 1910 года, секретный сотрудник «Пелагея» представлял руководству охранки подробные доносы о целях, учебных программах и составе слушателей Каприйской школы. Сообщил провокатор о подготовке Пражской конференции РСДРП. Выдавал тех партийцев, которые прибывали в Москву из провинции. И одновременно с этим писал доносы на тех, кто считал его своим товарищем. За время своей тайной службы он написал 160 доносов на тех, с кем рядом жил и работал в подполье. За свою грязную работу он исправно получал ежемесячно по 100 рублей из секретных сумм Московского охранного отделения. По материалам Российского агентства правовой и судебной информации (далее – РАПСИ), жертвами его предательских действий стали сотни революционеров-подпольщиков, преимущественно из числа большевиков