На уровне железной дороги как основного управленческого звена отрасли формировался наиболее полный финансовый результат. Вся сумма доходных поступлений от перевозок по сети распределялась между всеми железными дорогами в виде их доходов. Формирование доходов железных дорог осуществлялось на основе среднесетевой доходной ставки. В результате в силу объективных различий по себестоимости перевозок железные дороги делись на три категории: рентабельные, низкорентабельные и планово-убыточные. В условиях централизованного планирования хозяйственная деятельность низкорентабельных и планово-убыточных железных дорог обеспечивалась за счет механизма образования фондов экономического стимулирования, перераспределения источников финансирования и материальных ресурсов.

Преобразования периода перестройки (вторая половина 1980-х годов) в очередной раз ставят со всей острой вопрос о совершенствовании системы внутриотраслевых экономических отношений. Смысл преобразований во многом был схож с реформами 60-х годов, но принимаемые меры шли дальше. В 1986 году начался переход экономики на новые условия хозяйствования, а с 1988 года – на полный хозяйственный расчет и самофинансирование, что расширяло права предприятий и их экономическую самостоятельность. Кроме того, значительный упор делался на создание стимулов и механизмов, обеспечивающих ускорение развития производственной базы предприятий и ускорения темпов научно-технического прогресса, повышение эффективности. При этом более существенно ограничивались права министерств. Одновременно принимались решения по развитию кооперативных форм собственности и арендных отношений. Другое дело, что результаты получились не те, которые ожидались.

Законом СССР о государственном предприятии (объединении), принятым в 1987 году [3], была значительно расширена самостоятельность трудовых коллективов, осуществлялась дальнейшая демократизация управления экономикой, расширялись права трудовых коллективов в экономической жизни предприятий. Предприятия сами должны были зарабатывать средства для обеспечения текущей деятельности и для дальнейшего производственного и социального развития, определенную часть заработанных средств предприятия перечисляли в государственный бюджет. Изменялись функции экономических и отраслевых министерств и ведомств.

В период перестройки отрасль перешла на работу в новых условиях хозяйствования, а с 1988 года предприятия железнодорожного транспорта перешли на работу в условиях полного хозяйственного расчета и самофинансирования. [2] Но и в этих условиях были установлены определенные особенности управления железнодорожным транспортом. Железная дорога по-прежнему оставалась основным звеном железнодорожного транспорта для обеспечения потребности народного хозяйства и населения в перевозках. В целом повышалась роль и ответственность железных дорог и их отделений (как уровней управления, объединяющих работу отраслевых структурных единиц) за устойчивое обеспечение перевозок грузов и пассажиров, безопасность движения поездов, увеличение пропускной и провозной способности железнодорожных линий и ускорение продвижения вагонопотоков, максимальную концентрацию управления перевозочной работой на сетевых направлениях. Были установлены определенные ограничения на применение в отрасли арендных отношений, выборности руководителей предприятий и ряд других.

Важная роль сохранялась и за МПС СССР, которое наделялось достаточно широкими полномочиями и ресурсами (например, централизованными фондами) для решения сетевых задач, обеспечения технического и технологического единства, финансово-экономической устойчивости системы в целом. За МПС сохранились и функции централизованных расчетов с бюджетом СССР. Можно отметить, что в отличие от многих других министерств в аппарате МПС сохранилось финансовое подразделение (Главное управление централизованных бухгалтерских расчетов и финансов).