Во время правления Фердинанда финансовая и экономическая политика Фонсеки в своих ограниченных и ближайших целях достигла значительных успехов и оправдала то доверие, которым этот жадный монарх облек своего советника по делам Вест-Индии. Число и размеры испанских поселений неуклонно росли. В 1507 году на Эспаньоле были зарегистрированы 7 городов, в 1514 году – 14. В частности, Санто-Доминго стал городом и довольно важным портом. Овандо начал строительство постоянного города из камня и кирпича по прямолинейному плану, который станет характерным для большинства испанских городов в Новом Свете. Даже после завоевания других островов и начала заселения материка Санто-Доминго остался центром, в котором испанские товары распределялись по всему Карибскому бассейну, а корабли обычно собирались здесь, прежде чем отправиться в обратный путь. До тех пор, пока заселение ограничивалось берегами Карибского моря и островов и пока они нуждались в основном в продукции Андалусии, Севилья легко справлялась с торговлей через Атлантику, не сталкиваясь с конкуренцией или серьезными жалобами. Объем перевозок между Севильей и Санто-Доминго, не принимая в расчет особые флотилии, такие как флотилии Овандо, Диего Колумба и Педро Ариаса де Авилы, значительно колебался год от года, но в рекордные годы демонстрировал неуклонный рост. В 1508 году, согласно недавним и тщательно задокументированным исследованиям, Атлантический океан в обоих направлениях пересекли 66 кораблей; в 1514 году – 77, а в 1520 году – 108 кораблей. Это все были небольшие суда, возможно, немногие из них или вообще ни одно не имели водоизмещения более ста toneladas, что в наше время приблизительно составляет около 80 тонн. Многие суда ушли и не вернулись. Они либо потерялись, либо были разобраны на островах «на запчасти», либо – так как масса входящих грузов сильно превышала массу исходящих – они могли не найти обратный фрахт и остались в Вест-Индии для использования на месте. Те суда, которые все же вернулись, привезли в королевскую сокровищницу все еще маленький доход по сравнению с тем, который поступал из европейских источников, но он неуклонно увеличивался и был вдвойне желанным, потому что бо́льшая его часть была золотом. К 1516 году он уже достиг 35 тысяч дукатов. Успех поселений, однако, был достигнут дорогой ценой: его следствием были быстрое и бездумное истощение природных ресурсов, ужасающие страдания людей, прогрессирующее уничтожение первобытных людей, исчезновение целого образа жизни.

Общественное мнение в Испании не могло бесконечно игнорировать демографические трагедии, которые заселение принесло на острова. Смерть в 1516 году Фердинанда и вступление на престол медлительного, неуклюжего, очень добросовестного юноши Карла I, который впоследствии, в 1519 году, стал императором Карлом V, дали возможность изменить и отношение, и организацию процесса. Престарелый кардинал Хименес, который правил как регент, ожидая прибытия Карла, был глубоко потрясен отчетами монахов-доминиканцев с Эспаньолы. Ничего не известно о личных отношениях между кардиналом и Фонсекой, но непреклонный и сурово-религиозный Хименес, вероятно, не был высокого мнения о занятом мирскими делами и вечно отсутствующем епископе и, вероятно, считал его ответственным, по крайней мере отчасти, за зверства, которые яростно и публично осуждал священник Бартоломе де Лас Касас. Фонсека и Кончильос были неофициально отстранены, очевидно без письменного указа, от управления делами Индий на протяжении двух лет регентства. Вести дела было поручено двум другим советникам при помощи еще одного королевского секретаря. Карл прибыл в Испанию, а Хименес умер в 1517 году. Подпись Фонсеки вновь появляется на документах по делам Вест-Индии в начале 1518 года. Кончильос, с другой стороны, был отстранен от своих обязанностей, и хотя за свою службу секретаря он получил пенсию, лишился своих должностей в Индиях, которые приносили ему заработок. В то же время все чиновники, проживающие в Испании (включая Кончильоса), которые имели принуждаемых к труду индейцев, были их лишены. Это был первый практический шаг к реформе политики в отношении туземного населения.