Фердинанда, в отличие от королевы Изабеллы, которую он пережил, мало волновало то, как живут колонисты в Вест-Индии, которые в конце концов поехали туда по своей доброй воле, и вообще не волновало то, как живет там местное население – индейцы. В первую очередь – и это был его почти единственный интерес – его волновали доходы, которые можно было получить из Нового Света. Фонсека толковал свои обязанности в том же духе. Естественно, он был заинтересованной стороной. Традиционно члены королевских советов, помимо жалованья, получали дополнительные вознаграждения за особую работу. Эти вознаграждения часто принимали форму доли королевского права распределять бенефиции, доходной должности с правом назначать заместителей (помощников). За всю свою карьеру Фонсека получил в добавление к своей постоянной выгодной церковной должности много гонораров, выплаченных с доходов из Вест-Индии. Получал их и Кончильос – чиновник, известный своей хваткой. В 1508 году он был назначен главным нотариусом рудников Вест-Индии. Другие советники, которые время от времени прикладывали руки к работе, получали долю награбленного. Например, когда была создана почтовая служба Вест-Индии, должность главного почтмейстера – correo mayor – была отдана советнику Кастилии д-ру Галиндесу де Карвахалю, который делегировал реальную работу чиновникам Севильской торговой палаты (они выполняли ее очень эффективно) и отдавал им часть тех выплат, которые он получал. Телло, fiscal (прокурор) Совета, помимо значительных сумм, которые он получал за судебные тяжбы по апелляциям из Вест-Индии, находился на должности alguacil mayor (главный судебный исполнитель) по Вест-Индии и продавал должности эмигрантам. Так что не только королевская власть, но и многие отдельные советники и чиновники были сильно заинтересованы в доходах из Вест-Индии.
Эти доходы в первые годы включали половину доли (по крайней мере, в теории) драгоценных металлов и камней, захваченных в качестве законных трофеев в войне; процент, установленный в 1504 году, в размере одной пятой от драгоценных металлов и камней, добытых путем горных разработок или мытья в реках; налоги на товары, попадающие в Вест-Индию или в Испанию из Вест-Индии; и дань, взимаемую с индейцев. На островах этот последний пункт не принимался в расчет. Расставшись со своими немногими золотыми безделушками, таинос не имели уже ничего, что можно было бы обложить налогом, за исключением урожаев маниоки и маиса и дани с тех из них, которые работали на encomenderos. На практике увеличение королевского дохода зависело главным образом от роста производства драгоценных металлов, а он – от принудительного труда. Фонсека и его коллеги поэтому с великой неохотой ставили препоны на пути свободного использования труда индейцев колонистами. Фонсека оказал очень холодный прием миссионерам – монахам-доминиканцам, которые с 1511 года пытались отстоять интересы индейцев и добиться для них какой-нибудь защиты. Ни он, ни Кончильос не сыграли никакой роли в разработке Бургосских законов – первом испанском своде законов, касающихся обращения с туземным населением. Их обструктивная позиция по этому вопросу реально мешала любой серьезной попытке провести в жизнь нечетко сформулированные ханжеские положения этого свода законов. Фонсека также не мешал налетам работорговцев на Багамские острова, посредством которых колонисты Эспаньолы пытались обеспечить себе дополнительные рабочие руки. Позднее, уже после 1520 года, Севильская торговая палата под его руководством путем быстрой выдачи лицензий способствовала покупке значительного числа рабов-негров у португальцев, чтобы заменить ими сокращающееся население таинос. И в конечном счете эти рабы стали главной рабочей силой в Вест-Индии.