Кроме того, в марте 1806 года Стефан (Вукотич) участвовал в боевых действиях Второй Архипелагской экспедиции на о. Корчула. Остров был включен в состав Габсбургской империи после раздела Венецианской республики, а в 1806 году отнят у австрийцев Наполеоном. Россия стремилась сохранить базу для своего флота на Адриатике и Ионических островах. При активной поддержке черногорцев адмиралу Д.Н. Сенявину удалось не только овладеть ключевой крепостью в Которском заливе, но и отбить у французов земли Далмации, в том числе о. Корчулу.
Вот как описывает это сражение В. Г. Броневский в «Записках Морского Офицера в продолжении кампании на Средиземном море под начальством вице-адмирала Дмитрия Николаевича Сенявина от 1805 по 1810 год»
«…26 ноября [1806 г] главнокомандующий, посадив на корабли: "Селафаил", "Елена", "Ярослав", фрегат". Кильдюин", на 2 транспорта и 5 бокезских корсеров, два батальна егерей, с 150 человеками лучших черногорских и приморских стрелков, отправился к острову Курцало[8]. Чтобы не вредить домов и не убивать безвинных жителей, адмирал приказал, проходя крепость, не начинать прежде пальбы, пока не откроет оной неприятель; но коль скоро 27-го ноября первой корабль поравнялся с крепостью, французы открыли огонь. Каждое судно, проходя, выстрелило по крепости по два и по три заряда на пушку. Пройдя за выстрел, эскадра стала на якорь. 28-го предложена была капитуляция; но французский комендант не согласился, и сказал, что жителей не он, а мы должны беречь».
29-го числа на рассвете была вылазка десанта числом более тысячи человек в 4 верстах от крепости. Выманив французов, черногорцы открыли по ним огонь и отступили, завлекая их под огонь русских егерей. Однако французы, увидев, что их атакуют с флангов, бросились в бой. Силами поддержки морских солдат французов удалось обратить в бегство. В этом бое отличился брат св. митрополита Петра Негоша Савва Петрович, воевавший вместе с черногорцами и приморцами (жителями приморских городов нынешней Черногории) при поддержке нескольких русских егерей.
«30 ноября, корабль "Ярослав", с вооруженными гребными судами, открыл огонь по крепости, в то же время и войска напали с сухопутной стороны. Французы ответствовали пушечными и ружейными выстрелами, но чрез несколько минут замолчали, спустили флаг и подняли белый. По сигналу пальба прекратилась, французский гарнизон вышел, положил ружье, и сдался на власть. Затем наши войска вошли церемониально в крепость и подняли Императорский российский флаг (всем нижним чинам за взятие острова Курцало Государь ИМПЕРАТОР соизволил пожаловать по рублю на человека). В плен взято: полковник Орфенго, 13 штаб- и обер-офицеров и 389 рядовых 81-го полка, убитых на месте 6 офицеров и 150 солдат, раненых офицеров – 3, нижних чинов – 45, всего: 607 человек. Потеря наша убитыми: офицеров – 3, солдат и черногорцев -21, ранено штаб- и обер-офицеров – 9, нижних чинов -66. В крепости получено в добычу пушек 14 с довольным количеством пороха и снарядов. Во избежание затруднения в содержании пленных, отправлены они на честное слово не служить до размена находящихся во Франции, чин за чин, здоровые в Анкону, а раненые в Спалатру».
О. Корчула в XIX в.
В том же 1806 году отец Стефан был представлен Императору Александру I и 12 августа получил назначение на должность обер-иеромонаха Средиземноморской эскадры. А за участие в штурме крепости на острове Корчула был награжден золотым наперсным крестом, украшенным брильянтами и изумрудами, из Кабинета Е. И. В., ценой в 2 300 рублей.