В то же время наблюдаются серьёзные различия на генетическом уровне между указанными тремя группами популяций и, например, носителями чадских и нило-сахарских языков. Среди атлантических народов Западной Африки выделяется небольшая группа носителей языка бедик, генетические данные которых оказались весьма далеки от данных других народов атлантической семьи языков. Что же касается пигмеев бассейна р. Конго и Великих озёр, говорящих сегодня на языках банту (народности ака, мбути, бака и др.), то данные генетики позволяют утверждать, что пигмеи представляют особую группу, не связанную родством с другими народами Тропической Африки. О том же свидетельствует и мощный субстратный слой в языках центральноафриканских пигмеев, где до 30 % лексического фонда (в основном природной лексики и профессиональных терминов охоты и собирательства) имеют неизвестное происхождение.
Сам Кавалли-Сфорца признавал, что банк данных, находящийся в его распоряжении, пока слишком мал, чтобы делать однозначные выводы. Однако эти и другие работы по генетике и генетической географии, при всей критике, звучащей в их адрес в последние годы, могут в перспективе стать большим подспорьем при анализе лингвистических данных.
В настоящее время крупнейшими зарубежными школами африканского языкознания являются университеты и научные центры Германии, Франции и США. Среди наиболее успешных центров следует назвать Институт эволюционной антропологии Макса Планка в Лейпциге, Национальный центр научных исследований (CNRS) в Париже, университеты Лейдена, Кёльна, Берлина, Университет Гёте во Франкфуртена-Майне, научный институт Музея Центральной Африки в Тервюрене, Университет Калифорнии (Беркли), Стэнфордский университет. Эти и другие университеты содержат лаборатории и центры изучения африканских языков, осуществляют преподавание африканских языков и основ африканского языкознания, направляют ежегодные экспедиции по сбору материалов по языкам Африки. Крупнейшими периодическими изданиями, посвящёнными африканским языкам, следует назвать Africana Linguistica (издаётся Тервюренским музеем), Journal of African Languages and Linguistics (издаётся немецким издательском De Gruyter Mouton) и Studies in African Linguistics (Портлендский университет).
В самой Африке можно выделить ряд научных центров, успешно работающих в сфере изучения языков континента. Среди них – университеты Нигерии, Кот-д’Ивуара, Буркина-Фасо, Камеруна, Танзании, в Северной Африке – научные центры Египта и Туниса. Особое место занимают южноафриканские научные центры, в первую очередь Университет Йоханнесбурга, где работа по описанию и исследованию языков Африки началась ещё в начале XX в.
В России во второй половине XX в. африканское языкознание активно развивалось. Вслед за Ленинградом, где африканские языки изучались в университете, а с 1960-х гг. и в Кунсткамере (МАЭ РАН), африканистика обрела свои научные центры в Москве. В 1960 г. в ИСАА МГУ Н. В. Охотиной была создана кафедра африканистики, где началось преподавание языка суахили. На кафедре в разное время было налажено преподавание десяти языков континента, включая амхарский, хауса, африкаанс, зулу. Ныне кафедру возглавляет крупнейший российский бантуист, один из немногих российских африканистов с мировым именем Н. В. Громова. С 1965 г. в Институте языкознания РАН работает Сектор (впоследствии Отдел) африканских языков, который более 20 лет возглавляла Н. В. Охотина, а с 1988 по 2016 г. – В. А. Виноградов. Под редакцией Н. В. Охотиной вышел в свет целый ряд сборников по вопросам африканского языкознания, она же является автором очерка о введении в африканское языкознание. Уже более 30 лет назад вышла в свет монография В. А. Виноградова, А. И. Коваль и В. Я. Порхомовского [1984], посвящённая аспектам социолингвистической ситуации в Западной Африке и до сих пор не потерявшая своей актуальности. Языковые описания выходили в форме грамматических очерков в серии «Языки мира», по ряду языков вышли в свет детальные теоретические грамматики (например, грамматика суахили Н. В. Громовой и Н. В. Охотиной [1995]). Наибольшее внимание советских африканистов было сосредоточено на языках банту (заслуживает отдельного упоминания работа [Аксёнова, Топорова 1990]), манде, атлантических, различных языках Эфиопии.