Советские специалисты вплоть до конца XX в. были лишены доступа «в поле» и в основном вынуждены были работать с информантами из числа африканских студентов в СССР. Ситуация изменилась в начале XXI в., когда российские учёные получили возможность работать непосредственно в поле. За последние полтора десятилетия российские лингвистические экспедиции побывали во всех крупных регионах Африки, работали в Кот-д’Ивуаре, Гвинее, Эфиопии, Танзании, ЮАР, Нигерии и других странах. Российские учёные-лингвисты сегодня входят в состав многочисленных международных полевых команд, исследующих языки Африки. Помимо западных и российских экспедиций, в Африке работают учёные японских и китайских университетов. Крупнейшим центром полевого изучения языков Африки остаётся SIL International, изначально именовавшийся Летним институтом лингвистики. С 1961 г. SIL ведёт работу в Африке по документации малоисследованных языков, сбору и обработке социолингвистических данных, публикации грамматик и словарей африканских языков. Подразделения SIL в странах Западной Африки остаются важными центрами научной мысли.

Большим подспорьем в изучении языков Африки и реконструкции их доисторического прошлого может стать приобретающий в последнее время всё бóльшую популярность междисциплинарный подход к решению проблем доисторического развития языка. Наиболее перспективным видится сотрудничество лингвистов с археологами, палеоботаниками и генетиками. В частности, реконструкция климатического состояния отдельных регионов Субэкваториальной Африки в II–I тысячелетиях до н. э. уже сегодня позволяет сделать ряд важных выводов о направлениях миграций бантуязычных народов к югу через коридоры, образованные в зоне экваториальных лесов. Археологические раскопки расширяют объём данных об антропологических разновидностях популяций Тропической Африки начиная с раннего неолита, хотя эта работа движется довольно медленно: почвы на большей части территории влажных экваториальных лесов от бассейна Нигера и до бассейна Конго не способствуют сохранению окаменелых останков. Отметим рост внимания к проблемам палеоботаники Африки, особенно в свете анализа специфической по происхождению природной лексики в языках пигмеев Центральной Африки, изолированных языках Восточной Африки, а также острова Мадагаскар.

Развитие геногеографических исследований начиная с 1990-х гг. привело к появлению ряда интересных гипотез о происхождении и генетических связях народов Африки, часть из которых коррелирует с данными сравнительного языкознания. Эти гипотезы подробно описаны в ряде работ итальянского учёного Л. Кавалли-Сфорца и его коллег. В их работах народы Африки разделены на четыре основных генетических типа:

Нетрудно заметить, что народы первого типа в основном говорят на афразийских языках, а последнего – на койсанских языках. Негроидный тип, согласно выводам авторов, распространялся по континенту с северо-запада на юго-восток из районов Сахары и Сахеля. Высчитывая «генетическое расстояние» между представителями различных языковых семей Западной Африки, авторы выделяют три родственные группы: народы Сенегала, народы Нигерии и широкое объединение народов Западной Африки, включающее носителей языков манде, гур, кру, а также ряда языков семьи ква на западе Нигерии.